The Voyage of Sorcerer II

К тому времени кругосветная экспедиция Крейга была уже далеко не в пути, и "Колдун II" достиг Галапагосских островов. Крейг, загорелый и подтянутый, вернулся в Вашингтон, чтобы рассказать. Он сообщил толпе репортеров, собравшихся в Национальном пресс-клубе, что его команда обнаружила почти две тысячи различных видов бактерий, в том числе 148 ранее не встречавшихся, и около 1,2 миллиона новых генов. По самым скромным подсчетам, это удвоило количество генов, ранее известных у всех видов, микро- и макроорганизмов, во всем мире.16 Это была ДНК-сборка, показавшая, что микробное разнообразие и огромное количество бактерий в Саргассовом море намного, намного больше, чем кто-либо мог себе представить. "Теперь, с помощью новых инструментов, - объявил он, - мы можем увидеть то, что все до сих пор упускали, а именно подавляющее большинство жизни".

Тони Кнап позже вспоминал о всеобщей реакции на эту новость: "Я бы сказал, что было немного зависти, потому что все хотели быть первыми, кто сделал это, а потом это сделал Крейг. Люди работали над похожими проектами, но никто не публиковал их. А потом эта статья как бы взорвала людей. Появилось множество слухов о том, что в океане не может быть такого разнообразия, что мы, должно быть, брали пробы сточных вод".

"Эта работа оказалась документом о микробиоме океана", - продолжает Кнап. "Сейчас люди признают ее как пионерскую работу в океанографии. Конечно, сегодня вы можете сделать это во много раз больше, используя более современное оборудование. Но тогда это было невероятно и очень дорого. Мы смогли это сделать, потому что у меня был доступ к морским образцам, а у него - к секвенаторам и науке. Когда я говорю с людьми об этой работе, неважно, в какой области океанографии, все знают об этой работе и о том, какое влияние она оказала на эту область".

"Общее количество найденных генов просто поражает воображение", - сказал Пол Фальковски, океанограф из Университета Ратгерса в Нью-Брансвике, штат Нью-Джерси, корреспонденту Genome News Network. Когда Эндрю Поллак из New York Times сообщил об этом исследовании, он связался со Стивеном Джованнони, профессором Ор-эгонского государственного университета, который изучал микробы в Саргассовом море. Джованнони сказал: "Он впервые позволил нам увидеть это разнообразие". В той же статье цитируется Дэвид М. Карл, профессор океанографии из Гавайского университета: "Это почти гипербола. Как можно представить, что в одном образце есть миллион новых генов и белков, о которых мы ничего не знаем?" Поллак побеседовал с несколькими океанографами, которые сказали, что не узнали ничего нового, хотя результаты исследования "подтвердили разнообразие океанической жизни и предоставили гигантский список деталей, которые будут изучаться еще долгие годы". Другие жаловались, что Крейг не собрал достаточно вспомогательных данных, таких как температура и соленость воды.

 

Бактерии, которые он обнаружил, могли появиться в результате загрязнения образца, хотя в статье в Science говорится, что исследователи предохранялись от загрязнения".

"Мы демонстрируем, - говорится в заключении исследования, написанного в обычном осторожном, сдержанном стиле научной журнальной статьи, - что секвенирование дробовика дает богатый набор филогенетических [эволюционно-родственных] маркеров, которые могут быть использованы для оценки филогенетического разнообразия образца с большей мощностью, чем позволяют обычные исследования рРНК на основе ПЦР. Мы обнаружили, что, хотя качественная картина, которая возникает, похожа на ту, что основана на анализе только генов рРНК, количественная картина значительно отличается для определенных таксономических групп. Кроме того, так же как дробовое се-квенирование обеспечивает относительно объективный способ изучения видового разнообразия, оно также может позволить относительно объективно определить разнообразие генов в определенных семействах генов".

В исследовании описывается обнаружение большого количества основных видов бактерий, в том числе Burkholderia и Shewanella oneidensis, которые обычно встречаются на суше или в водоемах, богатых питательными веществами. Также были обнаружены бактерии, известные как распространенные в океане, в том числе Prochlorococcus и SAR86. "Команда обнаружила почти 800 новых генов для белков, чувствительных к свету, что говорит о том, что больше бактерий, чем считалось ранее, могут преобразовывать свет в энергию для других видов энергии", - пишет Поллак. "Это в сотни раз больше, чем было найдено ранее, и исследователи IBEA хотят изучить эти гены дальше, чтобы исследовать возможность производства водорода в качестве источника топлива.