Первая экскурсия экспедиции на Галапагосы была наземной: они отправились в глубь острова Санта-Крус, где историк и местный гид Грег Эстес провел их к участку, изрытому "туманными, первобытными кратерами", как опишет их Дилл в своем журнале. Оттуда они отправились в лес, полный гигантских маргариток. Дарвин собирал их в 1830-х годах, обнаружив, что эти растения встречаются на нескольких островах и при этом отличаются друг от друга. "Это было его самое большое представление о видовой радиации", - пишет Дилл. Группа также видела птиц-фрегатов, которые взлетали после купания в небольших внутренних озерах. Их семифутовые взмахи крыльев в этом странном ландшафте придавали им вид птеродактилей, живших миллионы лет назад.
Во время исследования Галапагосских островов экипаж дополняли смотрительница парка по имени Симона и океанограф и микробиолог Виктор Гальярдо, профессор кафедры океанографии в Университете Консепсьона на юге Чили. Крейг познакомился с Гальярдо во время визита в Чили и узнал о его знаниях в области океана между Южной Америкой и Гала-Пагосами. В то время Гальярдо занимался десятилетним исследованием питательных веществ, которыми питается океанская жизнь в юго-восточной части Тихого океана у берегов Чили, включая микроскопические организмы, находящиеся в нижней части пищевой цепи и питающие фитопланктон и другие микроорганизмы. Позже Галлардо назовет свое пребывание на судне Sorcerer II на Галапагосах одним из самых захватывающих проектов в его жизни и источником постоянного обучения: "Я до сих пор работаю над пониманием некоторых открытий, которые мы сделали на Галапагосах".
Одним из нежелательных событий на Галапагосах стало возобновление утверждений некоторых критиков о том, что Крейг тайно пытается украсть микроприроду островов. Биодипломаты JCVI в течение нескольких недель работали над соглашением с эквадорским правительством в его посольстве в Вашингтоне и с официальными лицами в столице Эквадора Кито. Несмотря на эти усилия, 10 марта 2004 года ETC Group - та же организация, которая назвала Крейга "биопиратом" на Бермудских островах, - опубликовала на своем сайте "ком-муник" под заголовком: "Играя в Бога на Галапагосах: Дж. Крейг Вентер, мастер и командир геномики, в глобальной экспедиции по сбору микробного разнообразия для инженерии жизни. Снова обвиняя Крейга в эксплуатации, группа отметила, что один из его институтов финансируется Министерством энергетики "для создания в лаборатории новых форм жизни, которые можно было бы использовать для производства энергии или очистки парниковых газов". Экзотические микробы - такие, как найденные на Галапагосах, - являются сырьем для создания новых источников энергии и новых форм жизни".
Негативная огласка привела к своеобразной ситуации, когда экспедиции, получившей разрешение на взятие образцов, было запрещено вывозить их с островов. "Они сказали, что нас арестуют, если мы попытаемся это сделать", - вспоминает Крейг. "Они боялись, что мы украдем эти материалы и заработаем миллионы". Боб Фридман вспоминает, что официальные лица в Эквадоре и на Галапагосах получили разрешения и отправили электронные письма с разрешением на вывоз образцов обратно в Штаты. "Затем произошло нечто странное", - говорит он. "По-видимому, какой-то ученый-юрист в Швеции - да, в Швеции - "услышал об экспедиции и начал говорить с эквадорским послом в Стокгольме. Потом этот посол связался с кем-то в Министерстве парков Эквадора или в Министерстве охраны окружающей среды - неясно, с кем именно, - и сказал им, что микробы в образцах - это "бриллианты моря", и убедил их в том, что Крейг что-то замышляет".
"Потом кто-то отнес это на станцию Чарльза Дарвина, - продолжил Фридман, - и сказал: "Ну, вы же биологи. Не могли бы вы разобраться с этим? И это поручили главе Группы по сохранению морской среды, немецкому морскому биологу на станции, который вмешался, чтобы распутать ситуацию". Любопытно, говорит Фридман, что местные галапагоанские власти на островах были в основном безразличны к тому, что делали гринго на "Колдуне II". "Жаловались только неэквадорцы из Дарвиновского института". Все стало еще более странным, когда шведский юрист из Стокгольма - друг первого академика - присоединился к переговорам с эквадорскими властями в Кито и на Галапагосах. "Он настаивал на том, что нам нужен меморандум о взаимопонимании, дополнительные разрешения", - говорит Фридман. "Это исходило от академика из Швеции, который был полон решимости защитить генетическое достояние Эквадора", независимо от того, хотели этого эквадорцы или нет.