The Voyage of Sorcerer II

Позже один из ученых JCVI или сотрудник попросит Пфаннкоча достать конкретный образец или образцы из определенной местности, например, с Галапагосских островов, и указать, какого размера должны быть фильтры, которые нужно было подготовить и секвенировать (при этом размер фильтров варьировался от большего к меньшему). "Мы отправлялись за нужными образцами, - говорит она, - надеясь, что морозильная камера не вышла из строя и что образец не переместили в другую морозильную камеру, чтобы нам не пришлось нырять в морозилку, что случалось пару раз. Затем мы доставали фильтры, разворачивали пакеты из фольги, доставали нужный фильтр, переносили его в шкаф биобезопасности и давали ему оттаять".

Разморозив фильтр и разрезав его на мелкие кусочки, ученые приступили к процессу выделения. Они инкубировали все при температуре 55 градусов Цельсия, а затем раскрутили пробирки в центрифуге, чтобы отделить ДНК от жидкости в образце.

Следующим шагом было удаление примесей с помощью растворителей. "Некоторые образцы могли быть очень липкими, - говорит Пфаннкоч, - с водорослями, похожими на слизь, как, например, из Мангрового пруда. Это было очень неприятно". Мы также пытались получить описание того, как выглядел фильтр. Был ли он светло-зеленым? Был ли он прозрачным? Коричневато-зеленый? Некоторые из них имели довольно резкий запах, поэтому мы открывали образцы в шкафах биобезопасности. Один из них, как мне помнится, пах серой. Как спичка, только без пламени".

Далее последовал процесс секвенирования дробовика, а затем сборка фрагментов ДНК в гены, хромосомы и геномы, как описано в главе 3. Полученные результаты были отправлены в публичные базы данных, такие как Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) и Киберинфраструктура сообщества для передовых исследований и анализа морской микробной экологии (CAMERA). Последняя представляет собой цифровое хранилище и веб-сайт, созданный в рамках совместного проекта JCVI и Калифорнийского института телекоммуникаций и информационных технологий (Calit2), центра при Калифорнийском университете в Сан-Диего, финансируемого Фондом Гордона и Фонд Бетти Мур.2 CAMERA включала в себя подробные записи не только о ДНК организмов, но и о том, где были собраны образцы, их солености, насыщенности кислородом и многом другом.

Позже, когда Даг Раш и другие исследователи JCVI проанализировали первые сорок один образец глобальной экспедиции, все эти данные легли в основу их статьи 2007 года в PLoS Biology, описывающей то, что было обнаружено.3 В других публикациях будет подробно описано то, что ученые обнаружили, вскрывая, секвенируя и анализируя эту партию образцов - последний из которых, образец 41, был взят 2 марта 2004 года на острове Изабелла, когда экспедиция завершала свой визит на Галапагосы.

 

В двадцати семи сотнях миль от всех этих небулайзеров, центрифуг, суперкомпьютеров и рядов секвенсоров 17 марта в маленькой гавани Пуэрто-Айоры команда "Колдуна II" подняла грот корабля около 6:00 утра и направила нос корабля на запад.

Отдаляясь от последних проблесков суши, команда любовалась впечатляющим восходом солнца в Тихом океане: высокие пухлые облака разделяли восходящее солнце на желтые, красные и пурпурные лучи. Набитый припасами корабль отправлялся в самый длинный за всю кругосветку переход через открытое море - примерно три тысячи морских миль до Фату-Хива на Маркизских островах, самой восточной цепи из двенадцатисотмильных островов, составляющих Французскую Полинезию. Вместе с Крейгом, который только что вернулся из Роквилла, и основной командой Хуан Энрикес остался на время перехода. Венди Дакер также присоединилась к команде, пополнив состав судна на десять человек.

В тот вечер, как записано в судовом журнале, на закате, как обычно, появились дельфины, и экипаж мог отчетливо видеть Марс, светящийся глубоким красным светом на небе, усыпанном звездами. Позже те, кто был на поздней вахте, наблюдали метеоритный дождь, когда судно преодолело расстояние в 214 миль всего за двадцать четыре часа - очень быстрый выход из Галапагосских островов. На второй день Хоффман поймал трехсотфунтового марлина около 18:00, но нет никаких записей о том, что он его поймал. ("Я даже не приблизился к тому, чтобы затащить его в лодку", - вспоминал он позже. "Он оборвал леску".)

"Мы плыли через Тихий океан по маршруту от Галапагосских островов до Фату-Хива, который очень мало посещаем", - вспоминал Энрикес много лет спустя. "Большинство судов ходят по другому маршруту. Большинство самолетов летают по другому маршруту".

 

"Мы были там совершенно одни", - сказал он. "На радарах ничего не было видно", не было огней городов и поселков. Как будто находишься в одной из тех камер сенсорной депривации, куда заходишь и плывешь, или как во время медитации". Когда плывешь по длинным океанским просторам, если нет сильных штормов, это почти дзенское чувство, когда ты просто очищаешь свой разум".