После этой высшей точки расцвета в Самье наступил период смуты, вызванный излишним давлением царских властей в целях введения буддийских представлений и практик во все области жизни. Произошел бунт в самой царской семье. Серия покушений и убийств завершилась гибелью династии, распадом государства и временным подавлением буддизма. Однако в течение столетия буддийские взгляды и монастыри снова распространились, пользуясь покровительством местных правителей и опираясь на поддержку в народе. В течение следующих трех столетий тибетцы все больше склонялись к буддийскому образованию, и по всей стране строились монастыри. Была завершена большая работа по переводу буддийского канона и создана обширная оригинальная буддийская литература. Новой царской династии для управления всей страной не возникло. Тибетская воинственность больше не вернулась из-за власти буддизма и его непротивленческой морали. Семьи местной знати по-прежнему правили в своих областях, но они всё чаще делили социальную и политическую власть с быстро растущей монастырской иерархией.
В XIII–XIV веках Монгольская империя объединила большую часть Евразии, и Тибет формально был включен в Pax Mongolica. В действительности мало что изменилось. Страна была разделена на тринадцать основных административных районов, каждый из которых управлялся совместно представителями местной знати и монашеской иерархии. Семья Кхон и глава школы сакья формально были поставлены Хубилай-ханом править всей страной, но сакьясский иерарх был скорее духовным руководителем, чем активным администратором. К концу XIV века Монгольская империя распалась, и контроль над всем Тибетом захватила местная династия Пагмодру. В то же время жизненные труды ламы Дже Цонкапы возвестили эпоху духовного ренессанса. Новая эра национальной преданности практике буддизма как главной цели жизни была отмечена введением Цонкапой в 1409 году Великого молитвенного фестиваля (Монлам Ченмо) в Лхасе. Он преподнес церемониальные украшения статуе Будды Шакьямуни (Джово Ринпоче), установленной в центральном храме Лхасы, Джоканге, чтобы показать, что народ воспринимает статую как вечное присутствие Будды. Таким образом, было положено начало традиции, в рамках которой вся нация собиралась на двухнедельное моление и празднование во время каждого Нового года по лунному календарю. Ключи от города вручались настоятелям монастырей, а все мирские дела откладывались. Этот праздник был главным событием для всего Тибета с 1409 и до 1960 года, когда китайские власти его запретили.
В XV–XVI веках инициированное Цонкапой возрождение изменило духовный, социальный и физический облик Тибета. Строительство монастырей распространялось на все новые и новые области, по мере того как все большее число людей решалось посвятить «драгоценную человеческую жизнь, наделенную свободами и возможностями», завершению своей эволюции и достижению просветления. Социальный климат становился все более мирным в связи с тем, что для ополчений воинственных местных вождей оставалось все меньше людей. Один из младших учеников Цонкапы, Гендун Друбпа, в течение всей своей долгой и деятельной жизни руководил новым орденом гелук, проповедуя, создавая книги и строя монастыри. После его смерти в соседней области объявился прекрасный мальчик, который объявил себя Гендуном Друбпой, как только научился говорить. После многих испытаний и волшебных узнаваний община признала его подлинным перевоплощением великого учителя. Его возвели на трон, дали образование, чтобы он возглавил орден под именем ламы Гендуна Гьяцо. Его следующее перевоплощение, Сонам Гьяцо, обнаруженный после подобных же чудес, испытаний и демонстраций способностей, управлял орденом в XVI веке, вплоть до своего исторического визита в Монголию в 1573 году, где получил почетный титул «Далай-лама» (Учитель-Океан) от монгольского правителя Алтан-хана. Если считать двух его предшественников, Сонам Гьяцо стал известен как Третий Далай-лама.
При жизни Сонама Гьяцо и его преемника тибетские военные вожди почувствовали себя слишком ущемленными растущей волной духовного возрождения, массовым интересом к образованию, ведущим к просветлению, и затратами времени и денег на строительство монастырей. На рубеже XVII века начался период смут, поставивший под угрозу судьбу страны. Сможет ли сохранившаяся воинственная аристократия свергнуть власть монастырской иерархии, подобно тому, как это произошло в ту же эпоху в Северной Европе, Китае и Японии – или же оставит насилие, раз и навсегда сложит оружие и обратится на путь духовной эволюции?