Некоторые, однако, имели весьма четкое представление о том, во что от них ожидалось верить. Уже в 1572 году анонимный летописец указывал, что за пределами Лондона менее чем один из сорока человек был «добросовестным и истово верующим проповедником». Это небольшое и ревностное меньшинство черпало недюжинное вдохновение в «Книге мучеников» Фокса, опубликованной весной 1563 года. Та содержала пронзительные и подчас наводящие ужас истории о тех, кто принял сожжение за новую веру в правление предшественницы Елизаветы — Марии. Например, Фокс описал тяжелую участь женщины, которая родила дитя в то время, как языки пламени сжигали ее в Гернси; младенца бросили в огонь к матери. Когда-то эту историю считали выдуманной, однако другие документы эпохи предполагают, что она случилась в точности так, как описал ее Фокс. Ксилографии книги представляли собой бриллианты агиографии. Благодаря этой книге страна, лишенная одних святых, обрела целую плеяду других.
Фокс создал новую историю Реформации, в которой англиканская церковь сохранила «старинную древнюю церковь Христову», которая постоянно находилась в тени католической церкви. «Время Антихриста», начавшееся примерно в 1100 году наконец завершилось. Фокс объявлял следующее: «Поскольку Господь объединил нас, англичан, здесь, в одном государстве, а также и в одной церкви, будто на одном корабле, давайте не калечить и не делить этот корабль». В тот период в понятие
Англичане в очередной раз стали избранным народом. Путем создания протестантской историографии Фокс, по сути, придал новой религии форму и содержание. Книга выдержала пять изданий в годы правления Елизаветы и стала наиболее популярной и незаменимой из всех книг о вере — после Библии. В конце концов поступил приказ о том, чтобы эта книга — наряду с «Парафразами» Эразма Роттердамского — была в каждой приходской церкви.
Многие ревностные протестанты не были удовлетворены религиозным урегулированием и ждали дня, когда будут осуществлены очередные реформы. Один из них — декан Уэлского кафедрального собора — научил свою собаку срывать папские квадратные шапочки со всех клириков-конформистов, которые отваживались их надеть. В 1560-е годы подобные радикально настроенные люди еще были частью неспокойной и раздосадованной елизаветинской церкви, однако уже начинали отстаивать свою самобытность. Например, именно в этот период из церкви в более широком смысле начало выделяться пуританское движение. Сотня лондонских священников была созвана в Ламбет, где перед ними выступил духовник в традиционном облачении, состоящем из четырехугольного головного убора, столы и мантии ученого. Когда прибывших священников спросили, наденут ли они то же самое облачение, они пришли в смятение. «Невероятно сильны, — вспоминал один наблюдатель, — были муки и страдания этих священнослужителей». Они воскликнули: «За такой порок наши души будут погублены!» В конце концов шестьдесят один человек согласился надеть эти одеяния, в то время как тридцать девять были временно отстранены от своих обязанностей и должны были в течение трех месяцев подчиниться.
Теперь по приказу королевы стали приниматься иные меры против протестантов более строгих взглядов. Любому, кто отказывался подписать декларацию верности, не давали согласия на осуществление богослужений. В результате многие богобоязненные священники стали жить мирской жизнью, в которой работали юристами и даже докторами; некоторые мигрировали в Шотландию, известную своим более доброжелательным отношением, либо обосновались в Цюрихе и Женеве. В ответ на серию памфлетов и книг с проповедями, приветствующими пуританское течение, Звездная палата издала судебный запрет, воспрещающий под страхом трехмесячного тюремного заключения публикацию любых трактатов, направленных «против предписаний королевы».
Радикальные сектанты, считая, что на них организованы гонения, сплотились еще сильнее. За эталон они приняли богослужебную книгу, используемую кальвинистами в Женеве. Традиционную литургию на английском языке, используемую, как они утверждали, «традиционалистами», они отвергали. Особенно оживленной была их деятельность в Лондоне. В 1567 году Джон Стоу писал, что «группа, именующая себя пуританами или незапятнанными агнцами Господа… содержала церковь в Минорис при Олдгейте». В разное время они собирались на корабле в доках Святой Екатерины, на Пудинг-Лейн и в доме ювелира на улице Стрэнд.