Города, встречавшиеся по пути, тщательно вычистили и выкрасили свежей краской, а всех бродяг и других неблаговидных лиц убрали подальше от глаз. Было принято дарить королеве серебряный кубок, предпочтительно с монетами, который она с радостью принимала. Ее реплики записывались для будущих поколений. «Подойди сюда, маленький регистратор, — обратилась Елизавета к регистратору из Уорика, — мне сказали, что ты будешь бояться взглянуть на меня или говорить прямосердечно; но я боялась тебя даже больше, чем ты меня». Школьный учитель из Нориджа, казалось, нервничал перед тем, как обратиться к ней на латыни. «Не бойся», — приободрила его Елизавета. По завершении его речи она призналась, что «лучше ничего в жизни не слышала, вот тебе моя рука». Покидая Норидж, она заявила: «Я никогда не забуду Норидж, — и, оставив город позади, прокричала: — Прощай, Норидж!»
Один из ораторов в Кембридже перечислял ее добродетели, на что королева скромно покачала головой, закусила губу и выступила с кратким опровержением. Затем он принялся восхвалять ее невинность. «Да пребудет впредь благословение Божье в сердце твоем!» — воскликнула она. За свое сорокачетырехлетнее правление Елизавета предприняла более двадцати подобных церемониальных путешествий и, когда в возрасте шестидесяти семи лет она собралась отправиться в очередное, некоторые из более пожилых придворных зароптали, на что она безапелляционно ответила: «Старые остаются, а молодые и крепкие здоровьем идут со мной». Впрочем, она никогда не отваживалась заехать слишком далеко, ограничиваясь в своих поездках теми областями, которые в XIX веке стали называть «Ближними графствами»; она никогда не путешествовала по северу или юго-западу.
Расследование по делу Марии началось в Йорке в начале октября 1568 года. Елизавета назначила Томаса Говарда, четвертого герцога Норфолка, главным полномочным представителем от Англии; считалось, что Говард, который, по слухам, придерживался прокатолических взглядов, специально отправлен в Йорк для содействия Марии. Однако в лице герцога Норфолка она нашла не только союзника; она нашла возможного мужа. Норфолк, трижды вдовец в молодом возрасте тридцати двух лет, вновь стал открыт для женитьбы. Виднейший английский дворянин, он как нельзя лучше подходил для этой роли. Если бы королева Шотландии сочеталась с ним браком, ее восшествие на английский престол представлялось бы легким и почти неизбежным. По всей видимости, сам Норфолк вместе с некоторыми своими союзниками рассматривал такую возможность еще до своей поездки в Йорк. Можно обоснованно предполагать, впрочем, что Елизавета, в свою очередь, даже не подозревала о существовании подобного плана.
Граф Морей, регент Шотландии и единокровный брат Марии, привел членов комиссии в полное замешательство, продемонстрировав восемь писем и двенадцать «адюльтерных» сонетов, якобы написанных Марией Босуэллу; их обнаружили среди личных вещей одного из слуг Босуэлла после решающего сражения при Карберри-Хилл. Эти послания, получившие известность как «Письма из ларца», нанесли куда больший урон репутации Марии, чем убийство самого Дарнли. «Как же ненавистно мне это дело, — писала она Босуэллу, — однако я принялась за него этим утром… Вы вынуждаете меня притворствовать, отчего мое сердце наполняется ужасом, и вы вынуждаете меня играть роль, почитай, предательницы… Подумайте, нельзя ли изобрести способ более тайный, через лекарство, ибо он будет принимать лекарство в Крейгмилларе, а также ванны». Можно заключить, что вместе со своим любовником она раздумывала над способом убийства своего мужа.
Подлинность этих писем была и остается предметом спора. Оригинальные послания давно исчезли. Возможно, их кто-то уничтожил, и их содержимое можно прочесть лишь в переводе или копии; некоторые из этих копий содержат на полях пометки Сесила, свидетельствуя о той скрупулезности, с которой он изучал записи. Согласно распространенному предположению, достоверные отрывки переплелись с вымышленными словами и фразами, вставленными, вероятнее всего, Мореем, чтобы изобличить свою единокровную сестру, однако с уверенностью это утверждать невозможно. Можно лишь отметить, что на тот момент они достигли своей цели.
Герцог Норфолк, по собственному признанию, пришел от содержания «Писем из ларца» в ужас. Он писал Елизавете, что в них шла речь о «чудовищных вещах, кои гнусно помыслить или написать о принце». Несмотря на это, его отвращение никак не повлияло на намерение жениться на Марии. Дело осложнилось тем, что трибунал перенесли из Йорка в Вестминстер, где к концу года члены комиссии, как выразился один из наблюдателей, дошли до «самых гнусных обвинений». Письма были представлены суду и зачитаны перед тайным советом. Сама Мария все отрицала, утверждая, что «обвинения против нее ложны, ибо она, дав слово принцессы, сама о том заявила».