По мере того как парламент проводил все более и более радикальную политику, учитывая полное отсутствие католиков среди членов палаты общин, тот же курс избирали и другие лица, облеченные властью. Двумя годами ранее в Кембридже профессор богословия леди Маргарет прочел курс лекций, в которых выступал в поддержку тех же мер, которые были изложены в «Наставлении»; теолога лишили кафедры и сослали в Женеву, однако в университетах по-прежнему оставались его последователи. «Я не священник! — воскликнул один из выпускников Кембриджа после своего рукоположения. — Нет, я не викарий! Мне ненавистны эти антихристианские имена. Я пастор (наставник) этой конгрегации». Пуританское духовенство Англии в своем значительном большинстве выросло в этих университетах.
В Лондоне и других областях отдельные конгрегации организовали цикл чтения проповедей и наставлений по пуританскому образцу; некоторые популярные проповедники не поддавались гневу епископов и продолжали нести в мир «Слово Божье», зачастую при поддержке дворянства и джентри. Граф Лестер, как известно, благоволил к идеям пуритан. Сам лорд Берли впоследствии отмечал, говоря о пуританских клириках: «Епископы в наше смутное время совершают очень опрометчивую и губительную ошибку, прогоняя их из своих приходов».
Вскоре начали формироваться зачатки системы, известной как пресвитерианство, собрания священнослужителей и светских пресвитеров церковных приходов. На юге Лондона, в районе Уандсворт, был основан республиканский союз священнослужителей, который стал называть себя «пресвитерий»; впоследствии Уандсворт приобрел известность как прибежище религиозных изгоев, от датчан-протестантов в 1570-х годах до гугенотов, бежавших сюда в начале XVII века. Показательным примером стало появление «изгнаннических церквей» в столице королевства, где протестантских беженцев привлекали к отправлению религиозных обрядов. Несмотря на это, быть приверженцем более строгих убеждений иногда значило подвергать себя опасности. В 1572 году молодой плотник из Суссекса по имени Ной прошел 10 километров от своей деревни в Хэйлшеме до Уорблтона, чтобы снести майское дерево на деревенском лугу как символ идолопоклонничества; один из местных жителей убил юношу, прострелив ему шею.
К Берли вскоре присоединился еще один королевский советник, Фрэнсис Уолсингем, изощренный и хитроумный шпион; говорили, что из своего дома на Сизинг-Лейн он может услышать то, что шепчут кому-то на ухо в Риме. Он стал родоначальником целой вереницы «разведчиков» в мире европейской дипломатии. Он начал карьеру в качестве посла Елизаветы при французском дворе, а в 1573 году она назначила его одним из своих министров.
Вокруг королевы теперь сформировалась группа убежденных протестантов, которые вместе со своими ставленниками в парламенте противодействовали претензиям Марии Стюарт и католическим силам Европы. Можно предположить, что именно они стали идейными вдохновителями антипапистских мер, принятых последним созывом парламента. Самыми яркими из них были лорд Берли, граф Лестер и Фрэнсис Уолсингем. Они пользовались полным доверием королевы, однако не боялись критически оценивать ее суждения и при необходимости подталкивать парламент в нужном направлении. Говорили, что они выслушивали приказы королевы, а затем негласно возвращались к своей политике. Сама Елизавета, как казалось, питала к ним искреннюю расположенность. Она называла Уолсингема «мавританцем», возможно, из-за его одежд слишком темного цвета, а Берли — своей «душой». Лестер был ее «глазами».
В этот период на авансцену выступил еще один фаворит, сэр Кристофер Хаттон. Он был в первую очередь придворным изысканной вежливости и обходительности и имел незаурядный танцевальный талант. Его персона привлекла внимание королевы. Она назначила его телохранителем, затем капитаном своей личной охраны, а впоследствии наградила еще более высокими титулами, назначив почетным ректором Оксфорда и лорд-канцлером Англии. Говорили, что он «протанцевал» себе путь к успеху. Его прозвищем было Колпачок или Овечка, вскоре превратившаяся в Барашка.
Свидетельством королевской заботы может стать категоричное письмо, написанное Елизаветой епископу Или. Хаттон жаждал приобрести некоторые земельные владения с садами на Холборн-Хилл и Или-Плейс, принадлежавшие епископу, однако тот не пожелал уступить их вельможе. Королева, однако, проявила настойчивость и отправила епископу следующее послание: «Гордый прелат, тебе прекрасно известно, кем ты был до того, как я сделала тебя тем, кто ты есть сейчас. Если ты немедленно не исполнишь мое требование, я лишу тебя духовного сана, клянусь Богом. ЕЛИЗАВЕТА». Разумеется, епископ подчинился и отдал свои земли, с условием, что он и его преемники получат беспрепятственный доступ к садам и разрешение собирать 20 бушелей роз ежегодно.