Отношения между Испанией и Англией охладились из-за очередного религиозного противоречия. В начале 1574 года прибыли первые семинаристы. В городе Дуэ, в Испанских Нидерландах, была основана семинария английских католических священников, откуда в Англию тайно отправилось трое духовников, чтобы начать работу среди верующих. К тому времени английские католики организовали сеть связей, имея собственных священников для проведения церковных таинств и в то же время рассчитывая на помощь беглых католиков из-за рубежа. Некоторые католические священники стали частными капелланами; другие пошли на компромисс и, приняв главенство новой веры, продолжали тайно служить мессу для избранного круга лиц.
Прибытием трех священников дело не ограничилось, и за последующие двадцать пять лет около шестисот духовников отправились в Англию. Они не были миссионерами. Они стремились лишь поддерживать приверженцев старой веры, а не обращать в нее тех, кто принял протестантство. Тем не менее их деятельность в королевстве представляла собой опасный источник волнений, потому что они выступали против политики той, кого считали незаконным монархом. Руководитель общины в Дуэ Уильям Аллен сообщил духовному начальству в Риме, что священникам был дан указ «проповедовать и обучать (но не публично, а в домах верующих, сообразно примеру апостолов в стародавние дни) католической вере и совершать таинства для тех, кому потребно…». Семинаристам полагалось исповедовать верующих, отпускать грехи схизматикам и укреплять веру тех, кто стремился ей следовать. В предыдущие годы правительство обходилось с католиками с известной долей осторожности, подчиняясь желанию Елизаветы поддерживать мир и порядок любой ценой, однако присутствие священников сочли недопустимым вторжением во внутренние дела страны. Вскоре выбор был сделан в пользу жестких мер.
Неприятности доставляли и приверженцы другого вероисповедания. Весной 1575 года в Олдгейте обнаружили конгрегацию анабаптистов. Эту религиозную секту презирали и боялись больше всего. Несмотря на то что по национальности они были голландцами, их судили в присутствии епископа Лондонского в соборе Святого Павла за самые чудовищные грехи — ересь и богохульство; пятеро публично покаялись и получили помилование. Они устраивали процессии с зажженными охапками хвороста в руках и отрекались от доктрин, гласивших, что Христос «был рожден» Девой Марией, что младенцев следует крестить, что христианин может служить магистратом или носить меч и что христианин должен давать клятву. Пятнадцать из их сподвижников отправили обратно за границу, а пятерых приговорили к казни через сожжение. В действительности на костер отправили лишь двоих — Джона Уилмейкера и Генри Турвурта, которые приняли в Смитфилде свой конец «с величайшим страхом, криками и рыданиями» на глазах у толпы, рукоплескавшей их казни. Это была первая кровь, пролитая во имя религии за все время правления Елизаветы.
Целых семнадцать лет в королевстве не происходило сожжений, и историк Джон Фокс, писавший о мучениках во время правления Марии, выразил в письме королеве протест по поводу возвращения казней. Елизавета называла его «мой отец Фокс», и в силу этого он имел право на определенную вольность в своих назиданиях. «Я ни в коем случае не защищаю еретиков, — писал он, — но я человек и пощадил бы другого человека. Сжигать живые тела несчастных, сбившихся с праведного пути скорее от слепоты разума, нежели душевного порыва, и поливать их дегтем и серой, чтоб сильнее распалялось пламя огненное, суть кощунственная скверна папистской веры… ибо любовь Бога пощадила бы их жизни». Королева осталась глуха к этому призыву.
Смерть архиепископа Паркера в мае 1575 года привела к смене общего курса церкви. Паркер оставил после себя огромное состояние, и считалось, что он частенько злоупотреблял своими обязанностями на посту. Его преемник Эдмунд Гриндал был в равной степени знаменит своей набожностью и ученостью; он снискал расположение лорда Берли и, как представлялось, действительно отличался религиозным ригоризмом. Один из анонимных почитателей отправил ему послание, где призывал «держать совет с братией вашей о том, как изгнать остатки папского отребья, которые оскорбительны для праведных христиан. Я знаю, будет нелегко осуществить сие благое дело, о коем вы и ваши братья радеете. Однако (приводятся способы) кое-что сделать можно». Задача представлялась нелегкой, поскольку самой Елизавете очень претила идея каких-либо новых изменений или вмешательства во внутренние дела. Она была религиозным консерватором, и весьма скоро Гриндал заслужит королевскую немилость.