Один случай еще более охладил их друг к другу: 24-го марта 1728 года подкинуто было письмо на имя государя, в котором выхваляли поступки князя Меншикова, находившагося уже в ссылке; по строжайшем розыскании оказалось, что оно было написано духовником царицы-бабки. Виновник подвергся жестокому наказанию, и с того же времени Авдотья Фёдоровна почти вовсе не являлась уже ко двору. В официальных известиях сохранилось только сведение, что она присутствовала при обручении Петра II с княжною Долгоруковою… Что же касается до Евдокии, то ей уже было под шестьдесят лет. Измученная заключением, истомлённая горем, она тяготилась шумом придворной жизни, скучала по монастырской келье; ненавистен ей был и Петербург, создание рук человека, ей не любезнаго. Вот почему она поспешила в Москву, где и поселилась в Вознесенском девичьем монастыре… Пророчество разстриги Досифея как бы оправдалось: инокиня Елена снова с именем Евдокии объявлена царицей. Надо думать, что отец ея, Фёдор Лопухин, окончательно вышел тогда из ада.
Но вот настал 1730 год, и Царице Евдокии Фёдоровне суждено было ещё раз в жизни перенести тяжкую потерю – потерю её внуки и покровителя, Императора Петра II, скончавшагося 19 Генваря этого года.
В январе 1730 года, при одре умершаго государя, несколько партий спорили о том, кому передать престол. Одна из них стояла за царицу Евдокию
Так сбылось пророчество Досифея!
Бабке покойного царя, действительно предлагали корону, но она отказалась под предлогом глубокой своей старости и болезней.
Феофан Прокопович, другой современник, утверждает противное. «В пользу Евдокии, говорит он, подан был только один голос. Но и это предложение, как непристойное и происшедшее от человека, корыстей своих ищущаго, самим молчанием притушили». Вполне доверять архиепископу, писавшему эти строки по воцарении уже Анны Ивановны, также трудно… При торжестве коронования герцогини курляндской присутствовала и царица Евдокия. Она сидела в особо устроенном месте, откуда, как она и желала, посторонние не могли её видеть. По окончании церемонии, императрица подошла к ней, обняла, поцеловала и просила ея дружества. Обе плакали навзрыд. По отъезде государыни, толпа придворных кинулась к Евдокии с поздравлениями. Она их ласково выслушала. «Много говорила со мною, пишет леди Рондо, много насказала любезнаго и звала к себе ко двору. Вообще, как видно, царица не забыла ни аристократической вежливости, ни приёмов придворной жизни. Она толста, но, несмотря на лета, на ея лице остались следы прежней красоты. Евдокия держит себя важно, величественно, но всегда вежливо и ласково. Ея живые глаза как бы проникают в сердце того, с кем она говорит».
Пережив своих гонителей, она пребывала в московском Новодевичьем монастыре, и там проводила остатки дней своих в молитве и благотворении, не вмешивалась в придворныя дела…
Прожила она после этого мало вследствие той огромной боли, которую причинила ей потеря внука. Она, казалось, переживала это горе сильнее, чем все прежние свои несчастья…