Авдотья Фёдоровна Лопухина скончалась 27 августа 1731 года, на 62 году от рождения, в Москве, где и погребена в Вознесенском девичьем монастыре. Она пережила своих недоброжелателей, гонителей, врагов; пережила и всё то, что было дорого ея сердцу: сына, друзей, любимаго человека, которому в злополучное время ссылки отдала своё сердце; наконец, своих внуков: Петра и Наталью.
1731 году, Августа в 30 день, Алексей Андреев сын Лопухин сказал: «Государыня, де, Царица Евдокея Феодоровна от сея временныя в вечную жизнь отыде сего Августа в 27 число, в первом на десять часу по полуночи; а до кончины, де, своей была в памяти, и говорить перестала только за час, или меньше, до кончины, и тогда, де, приобщилась Святых Тайн, и при самой, де, Ея Государыни кончине был отец Ея духовный, Андроничья монастыря Архимандрит Клеоник, да Доктор Тельс, который обнадёживал, что у ней, Государыни, пульс хорош; при том же были женския персоны и Новодевическая Игумения…»
Находилась рядом с нею и верная слуга Царицы, Карлица Агафья. Это та самая Карлица, которая находилась при Царице безсменно с самаго того времени, когда Пётр I, разорвав самовластно брачный союз свой с Евдокиею Фёдоровною, сослал её в Суздальский монастырь и велел постричь в монахини.
Она была похоронена без больших церемоний в том же монастыре, где она и умерла, а не в обычном месте погребения царей и цариц.
По случаю погребения тела Царицы была учреждена печальная Коммиссия, в которой главным распорядителем был Статский Действительный Советник Василий Никитич Татищев (известный собиратель Российской Истории), которому, по приказанию Генерала Ушакова, было выдано, того же 27 Августа, из суммы, оставшейся после Царицы, 2 432 рубли [на поминальные раздачи]. Тело Царицы похоронили в самой церкви Новодевичья монастыря, называемой Пресвятой Богородицы Смоленской, у втораго столпа с правой стороны, где также покоится прах Царевны Софии Алексеевны. Вот что говорит в немногих словах, поставленная над гробницею усопшей Царицы Евдокии Фёдоровны, позднейшая надпись: «Лета 7239, а от Рождества Христова 1731 году, преставися, Августа 27, раба Божия, благоверная Государыня Царица и Великая Княгиня Евдокия Феодоровна, урождённая Лопухина, супруга Императора Петра Великаго, от коего родились Царевичи Алексей и Александр Петровичи. В иноческий образ пострижена она в Покровском девичьем монастыре, что в Суздале, 1695 года, а в 1727 году, по Указу внука своего, Императора Петра II-го, переведена в сей монастырь, где и погребена в 60 лето от рождения, и тезоименитство ея 4 Августа».