Этим не ограничились меры, принятые Бонапартом против республиканцев. Постановлением 17 нивоза IX года (7 января 1801 г) были отданы под надзор полипии в пределах Франции, с запрещением жить в департаменте Сены и смежных с ним, 52 гражданина, известные своим демократическим образом мыслей: Антонель, Моисей Бэйль, Леньело, Лекуантр, Сержад и др. Несколько жен и вдов республиканцев, как вдовы Шометта, Марата и Бабефа, были без суда заключены в тюрьму. Были также и казни, несколько человек были беззаконно приговорепы к смерти. Пять человек — Шевалье, Вейсер, Метж, Эмбер и Шанель — были преданы военному суду по обвинению в принадлежности к воображаемому заговору, организованному в действительности полицией, и расстреляны в Гренельской долине. Четверо более видных республиканцев — Арена, Серакки, Топино-Лебрён и Демер-виль — были приговорены к смертной казни уголовным судом СенскогО департамента, хотя вся их вина заключалась только в неприязненных отзывах о Бонапарте или, самое большое, в платонических мечтаниях о заговоре; они были обезглавлены 10 плювиоза IX года. Виновники покушения на улице Сен-Никез, роялист Сен-Режан и его сообщник Карбон, были вполне уличены, осуждены на смерть и казнены 16 жерминаля (6 апреля 1801 г.).
Чрезвычайные суды. Вопреки утверждению некоторых историков, во Франции при Консульстве не был обеспечен материальный общественный порядок. Разбойничьи шайки роялистов задерживали дилижансы, как в эпоху Директории, убивали патриотов, грабили в деревнях дома лиц, приобретших национальные имущества. В начале IX года шайка шуа-нов захватила в плен сенатора Клемана де Ри, проживавшего в своем туренском замке; другая шайка убила «конституционного» епископа Одрена, объезжавшего свою епархию в департаменте Финистер. Жандармерия, летучие отряды и военные комиссии могли бы отлично положить конец этим бесчинствам; но Бонапарт воспользовался общественным негодованием, чтобы добиться учреждения чрезвычайных судов, при посредстве которых он мог избавиться, в случае надобности, не только от роялистских разбойников, но и от республиканской оппозиции. Закон 18 плювиоза IX года (7 февраля 1801 г.), прошедший в Трибунате и Законодательном корпусе лишь слабым большинством голосов, уполномочивал правительство учреждать в каждом департаменте, где оно найдет нужным, чрезвычайный трибунал, состоящий из председателя и двух членов уголовного суда и из назначаемых первым консулом трех военных и двух штатских лиц. Этот суд ведал почти всеми преступлениями, которые могли тревожить правительство, и приговоры его не подлежали ни апелляции, ни кассации, исключая вопрос о компетентности. Таким образом, Бонапарт мог по своему усмотрению устроить себе в каждом департаменте своего рода революционный трибунал для осуществления своей мести; и он действительно учредил такие суды в тридцати двух департаментах.