Эль-Аришское соглашение. Несмотря на свою кажущуюся уверенность, Клебер чувствовал себя в Египте пленником. Он был убежден, что и самые победы ослабляют его, так как зоркая бдительность' английских крейсеров лишала его возможности получать пополнения для его армии морским путем. Поэтому он стремился к миру, ясно понимая, что с сильной армией в руках добьется более выгодных условий, чем тогда, когда от нее ничего не останется. Не таков был взгляд Даву, с большой силой доказывавшего необходимость отстоять Египет во что бы то ни стало. Но Клебер был подвержен припадкам уныния, и такой припадок был вызван в его обычно столь твердой душе отъездом Бонапарта. В конце концов он послал Дезэ и Пуссиельга к английскому коммодору Сиднею Смиту договориться об условиях эвакуации. В Эль-Арише было заключено соглашение, в силу которого Египет должен был быть очищен французами и возвращен оттоманским властям, а французское войско перевезено на почетных условиях во Францию на английских судах (24 января 1800 г.). Клебер уже эвакуировал Каир и собирался честно выполнить все условия договора; но адмирал Кейт отказался ратифицировать соглашение, подписанное его помощником в Эль-Арише, под тем предлогом, что последний присвоил себе не принадлежащие ему права. Он потребовал, чтобы французы сдались ему в качестве военнопленных. «Солдаты, — писал Клебер в прокламации, которая заслуженно приобрела славу, — на такую наглость можно отвечать только победами; готовьтесь к бою».
Гелиополис; убийство Клебера. 70 000 турок и египтян наступали вверх по дельте под начальством великого везира Юсуфа. Клебер, располагавший всего 12 000 человек, дал им сражение при Гелиополисе, и они были отброшены в полном замешательстве к Бельбеису. Каир восстал; Клебер вступил в него победителем после десятидневной сечи на улицах. Его мягкость в отношении побежденных окончательно покорила ему все сердца. Рыцарственный Мурадбей, самый грозный из мамелюкских вождей, обязался отныне служить Франции; Клебер отдал ему в управление весь Верхний Египет, и с тех пор у Франции не было более верного союзника, чем Мурад. Клебер волей-неволей должен был признать оккупацию Египта окончательной. Он принял ряд превосходных мер для упрочения здесь французского владычества; он опирался на мамелюков, формировал полки из сирийцев, коптов и кордофанских черных рабов, следил за аккуратным поступлением всех налогов и поощрял всякое полезное предприятие. Это был самый блестящий период французской оккупации. Но он оказался непродолжительным. Клебер пал в своем каирском дворце под кинжалом фанатика-мусульманина, некоего Сулеймана, в тот самый день, когда Дезэ был убит в сражении при Марепго (14 июня). Оба они умерли молодыми, и их слава не была ничем запятнана. С их смертью Бонапарт освободился от двух соперников, которые могли бы стать неудобными для него.
Мену; Александрийский договор. По смерти Клебера командование перешло к Мену. Солдаты предпочли бы более молодого, более пылкого и более даровитого Рейнье; но за Мену было старшинство в чине. Он считался хорошим администратором; в действительности это был болтун, сварливый человек, любитель канцелярской переписки. Он поставил вверх дном всю администрацию Бонапарта и Клебера, навязав феллахам французские лесоохранительные законы, таможни и сборы на городских заставах. Он перешел в ислам, был женат на египтянке и подписывался Абдалла-Мену, но это не мешало ему бесцеремонно нарушать исконные туземные обычаи и даже вмешиваться в вопросы национального костюма. Его печатные и рукописные приказы составляют три толстых фолианта! Между тем французам грозила большая опасность: готовилась высадка 20 000 англичан под начальством Аберкромби, из Сирии шло 40 000 турок и в Красное море вошли суда с 10 000 сипаев. Французам грозило быть раздавленными этими тремя армиями. Следовало сосредоточить все наличные силы и поодиночке разбить каждую из трех наступающих армий; а Мену вместо того раздробил свои силы. Оставив Беллиара в Каире, он двинулся с 8000 человек навстречу Аберкромби, только что высадившемуся в Абукире. Недалеко отсюда, у Канона, произошло ожесточенное сражение. Аберкромби был убит, но Мену принужден был отступить (21 марта). Возобнови он сражение при поддержке Беллиара, он несомненно одержал бы верх; но он предпочел засесть в Александрии. А Беллиар, осажденный в Каире 45 тысячами англичан и турок и имея в своем распоряжении только гарнизон в 6000–8000 человек, истощенный усталостью, недостатком продовольствия и чумой, принужден был капитулировать на условиях Эль-Аришского соглашения. Мену после мужественной обороны сдал Александрию на тех же условиях (30 августа 1801 г.). Египет был потерян. Войско было перевезено во Францию на английских судах; знамена, оружие и багаж были ему оставлены, т. е. оно добилось тех почетных условий, в которых англичане несправедливо отказали Клеберу.