Прошло сорок лет, прежде чем попытка русского правительства возобновилась: осенью 1852 года в Петербурге была снаряжена морская экспедиция, формально имевшая целью «обозрение российских колоний в Северной Америке», а в действительности стремившаяся подготовить заключение торгового договора с Японией. Экспедицией в Японию руководил адмирал Е. В. Путятин. Как указывал сам Гончаров, вначале в качестве секретаря этой экспедиции предложили поехать поэту А. Н. Майкову, «причем сказано было, что, между прочим, нужен такой человек, который бы хорошо писал по-русски, литератор. Он отказался и передал мне. Я принялся хлопотать изо всех сил, всех, кого мог, поставил на ноги…» («Путевые письма И. А. Гончарова из кругосветного плавания» – «Литературное наследство», № 22–24, 1935, стр. 344).
Хлопоты Гончарова о назначении его секретарем экспедиции вскоре увенчались успехом, и 7 октября 1852 года он отплыл из Кронштадта на военном парусном корабле. По первоначальному плану фрегат «Паллада» должен был, держа курс на запад, пересечь Атлантический и Тихий океаны. Однако этот маршрут вскоре изменился. В Северном море фрегат попал в шторм, и в Портсмуте «Палладе» пришлось стать на капитальный ремонт. «Мы, – писал Гончаров своим петербургским друзьям, – идем не вокруг Горна, а через мыс Доброй Надежды, потом через Зондский пролив…» («Литературное наследство», № 22–24, 1935, стр. 367).
Приведем здесь основные даты путешествия Гончарова. Отплыв из Кронштадта в начале октября 1852 года, «Паллада» 20 ноября прибыла в Портсмут, где находилась до начала января 1853 года. За это время Гончаров посещает Лондон. В середине января 1853 года фрегат приходит к острову Мадере, с 25 по 27 января он находится у островов Зеленого мыса, а с 10 марта по 12 апреля – у мыса Доброй Надежды. Гончаров посещает Капштадт и совершает довольно продолжительную поездку по Капской колонии. Затем фрегат пересекает Индийский океан и с 24 мая по 2 июня стоит в Сингапуре, а затем, в конце июня, – в Гонконге. 10 августа 1853 года, то есть через десять месяцев после начала плавания, «Паллада» приходит в японский порт Нагасаки, где находится до ноября 1853 года.
Прибыв в Нагасаки, адмирал Путятин начал с японским правительством переговоры о заключении торгового договора. Переговоры эти были секретными; внешнюю картину их Гончаров описал очень подробно в двух очерках путевых записок, озаглавленных «Русские в Японии». Японское правительство одновременно вело переговоры с Путятиным и адмиралом США Перри, действовавшим агрессивными методами. Поставив перед Японией ультимативное требование заключить с США договор о торговле, Перри вслед за этим подвел свою эскадру к японской столице, угрожая бомбардировкой. 31 марта 1854 года японское правительство приняло требования американцев. Между тем поздней осенью 1853 года на Дальнем Востоке получены были первые сведения о разрыве дипломатических отношений между Россией и Турцией, что, как известно, привело к Крымской войне. Угроза военного столкновения побудила Путятина прервать переговоры и перейти из Нагасаки в Шанхай, чтобы получить там достоверную информацию и подготовиться, в случае необходимости, к вооруженному отпору. С ноября 1853 года Гончаров жил в Шанхае, в Нагасаки он вернулся только 10 декабря.
В сентябре 1853 года Гончаров писал из Нагасаки Майковым: «Если правда, что в Европе война, то нам придется тоже уходить на время отсюда или в Ситху, или в Калифорнию, иначе англичане, пожалуй, возьмут нас живьем. А у нас поговаривают, что живьем не отдадутся, – и если нужно, то будут биться, слышь, до последней капли крови» («Литературное наследство», № 22–24, 1935, стр. 399). Стремясь соединиться с русской эскадрой на Дальнем Востоке, фрегат «Паллада» переходит из одного места в другое: в начале февраля 1854 года посещает Ликейские острова, в конце того же месяца стоит на Филиппинских островах, в порту Манила, после чего начинает путь на север, по направлению к России.