С распространением границ государства, с переселением русских людей в новые страны распространялись, разумеется, и пределы церкви. Но, приобретая новых членов между инородцами церковь должна была принимать меры, чтоб не отпадали от нее старые. В 1593 году казанский владыка Гермоген писал царю, что в Казани и в уездах Казанском и Свияжском живут новокрещены вместе с татарами, чувашами, черемисами и вотяками, едят и пьют с ними, к церквам божиим не приходят, крестов на себе не носят, в домах образов и крестов не держат, попов не призывают и отцов духовных не имеют; обвенчавшись в церкви, перевенчиваются у попов татарских, едят скоромное в посты, живут мимо своих жен с немецкими пленницами. Он, владыка, призывал их н поучал, но они ученья не принимают и от татарских обычаев не отстают и совершенно от христианской веры отстали, о том сильно скорбят, что от своей веры отстали и в православной вере не утвердились, потому что живут с неверными вместе, от церквей далеко; и видя такое неверье в новокрещенах, иные татары не только не крестятся в православную веру, но и ругаются ей; да прежде, в сорок лет от казанского взятья, не бывали в татарской слободе мечети, а теперь стали мечети ставить близ посада, на лучной выстрел. Получивши это донесение, царь приказал воеводам, чтоб они, переписавши всех новокрещен, устроили им слободу в Казани с церковию и полным причтом; кто из них не захочет переселиться и ставить себе двор на слободе, тех давать на поруки, а иных в тюрьму сажать; чтоб воеводы выбрали сына боярского доброго и приказали ему эту слободу ведать, беречь, чтоб новокрещены христианскую веру держали крепко, женились бы у русских людей и дочерей своих выдавали за русских же; которые не станут христианской веры крепко держать, тех смирять, в тюрьму сажать, в железа, в цепи, бить, а других отсылать к владыке, чтоб налагал епитимью. Все мечети воеводы должны были посметать и вконец их извести. Гермоген писал также, что многие русские люди живут у татар, черемис, чувашей, женятся у них, многие живут у немцев по слободам и деревням добровольно и в деньгах и все эти люди от христианской веры отпали, обратились у татар в татарскую веру, а у немцев в римскую и лютеранскую: царь приказал воеводам распорядиться, чтоб русские люди не жили у татар и у немцев; должников, которые служат в небольших деньгах, выкупить, а которые в больших, тех отдать новокрещенам, у которых взамен взять литву и латышей и отдать татарам и немцам, которым запретить, чтоб они русских людей вперед не принимали и денег им взаймы не давали. В 1597 году князю Василию Ухтомскому назначенному воеводою в Пустоозерский острог, велено было призывать самоедов и других иноземцев в православную христианскую веру. Ухтомский бил челом, что Пустоозерский острог место дальнее, деревень у него, воеводы, по той дороге нет, из Москвы запас взять далеко: почему государь пожаловал бы, велел ему дать с устюжского кружечного двора 300 ведер вина по подрядной цене. Царь велел ему дать 50 ведер.
Главный пастырь русской церкви в царствование Феодора переменил звание митрополита на звание патриарха. Мы видели, вследствие каких причин северо-восточная русская церковь получила на деле самостоятельность от церкви константинопольской, хотя самое название главного пастыря ее: митрополит, обличало номинальную зависимость ее от патриарха. Взятие Константинополя турками, зависимость восточных патриархов от султана должны были возбудить в Москве желание приобресть самостоятельность совершенную, а в патриархах уничтожить противоборство исполнению этого желания; возвышение северо-восточной русской церкви, как самостоятельной и цветущей, требовало по крайней мере уравнения ее с старшими церквами, которые страдали под игом неверных, нуждались в ее помощи; в Москве возникло даже мнение, что опасно иметь единение с людьми, рабствующими неверным, мнение, против которого должен был вооружиться Максим Грек. Желание полной самостоятельности должно было еще более усилиться, когда обнаружились враждебные движения католические, когда иезуиты главною укорою русской церкви ставили зависимость ее от раба султанова. Необходимо было, следовательно, для русской церкви иметь своего патриарха; выгодно было иметь его для Москвы, ибо этим наносился удар делу Витовтову: Москва брала неоспоримое преимущество пред Киевом, и глаза православных в Литве не могли не обращаться к патриарху всероссийскому.