Неделю спустя по приезде государь велел патриарху быть у себя и принял его, как принимал обыкновенно послов, с тем только различием, что навстречу ему переступил с полсажени от трона. После этого представления, не выходя из дворца, Иеремия имел разговор с Годуновым, рассказал ему о своих несчастиях, как он был обнесен султану, свергнут с патриаршего престола, потом опять возведен; рассказал о бедственном состоянии своей церкви, о грабеже турок; рассказал о делах литовских, что мог узнать дорогою, наконец, говорил
Нам не нужно предполагать, что в первом разговоре с Годуновым сам Иеремия изъявил желание остаться патриаршествовать в Москве: мысль о выгодных следствиях перемещения старшего патриаршего стола из Византии в Московское государство легко могла прийти Годунову и другим. Пусть в Константинополе, по приказу султана, выбрали бы другого патриарха: Иеремия и его русские преемники не потеряли бы чрез это права называться вселенскими, права на первенство; утверждение Иеремии в Московском государстве особенно было б важно относительно западной русской церкви, которая уже давно признавала свою зависимость от него. С другой стороны, нам не нужно предполагать, что дело не уладилось единственно по настоянию Годунова, которому невыгодно было удалить Иова, совершенно ему преданного: при отчужденности от иностранцев и сильно развившейся вследствие того подозрительности, ясные следы которой видны повсюду, иметь патриархом иностранца, грека, должно было казаться крайне неудобным: указывать на единоверие, как могущее уничтожить всякое подозрение, нельзя, ибо мы видели, как обходились с этим самым Иеремиею: не велено было пускать к нему ни одного иностранца; наши предки в описываемое время жили тою жизнью, когда свой обычай составляет все; отсюда понятно, как страшно было иметь патриархом человека, не знающего русского обычая, человека греческого закона. Мало того, нужно было решиться на дело страшно тяжелое: отвергнуть человека, которого уже привыкли видеть на таком высоком месте, каково было митрополичье; для вселенского патриарха Иеремии не могли придумать чести высшей, как та, которая воздавалась митрополиту Иову, и вот этого Иова надобно безвинно лишить этой чести, прогнать! Понятно, следовательно, что не по одним личным отношениям Годунова к Иову настаивали, чтоб Иеремия жил во Владимире.
Несмотря на то что царь прямо объявил о невозможности прогнать Иова от церкви Богородицы и от чудотворцев, исполнили обычай избрания: архиереи назначили трех кандидатов: митрополита Иова, новгородского архиепископа Александра, ростовского Варлаама, и предоставили царю выбор. Феодор избрал Иова, который и был посвящен 26 января 1589 года: следовательно, дело тянулось полгода! Патриарх должен был иметь в своем ведении митрополитов; это звание дали владыкам: новгородскому, казанскому, ростовскому и крутицкому (в Москве), шесть епископов получали звание архиепископов: вологодский, суздальский, нижегородский, смоленский, рязанский, тверской.