Посланник Благов, отправленный к султану, повез патриарху константинопольскому на помин души царя Иоанна милостыни 1000 рублей; у патриарха, по обычаю, учились греческому языку два русских паробка, Ушаков и Внуков; к ним Благов отвез шубы и деньги по 10 рублей; посланник должен был им сказать, чтоб они учились греческому языку и грамоте радетельно, пристально, а не гуляли, патриарха во всем слушались бы, а патриарху должен был сказать, чтоб велел учить паробков радетельно, держал бы их у себя в наказанье, а воли бы им не давал. Посланы были богатые милостыни и другим православным церквам, греческим и славянским. Летом 1586 года приехал в Москву за милостынею антиохийский патриарх Иоаким. Любопытны подробности свидания его с митрополитом Дионисием: когда он вошел в Успенский собор, то митрополит стоял в святительском сане на устроенном месте, окруженный знатным духовенством; приложившись к образам, патриарх пошел к митрополиту, тот сошел к нему навстречу с сажень от своего места и благословил его наперед и потом уже принял благословение от патриарха; Иоаким поговорил слегка, что пригоже было митрополиту от него принять благословение наперед, да и перестал. Здесь, при этом столкновении значения действительного с значением номинальным, всего яснее высказалась несообразность отношений московского митрополита к патриархам, и очень может быть, что именно прибытие патриарха Иоакима в Москву и это столкновение его с митрополитом Дионисием, показавши на деле несообразность отношений между значением действительным и значением номинальным, и побудили к решительному шагу. Как бы то ни было, предложение об учреждении патриаршества было сделано царем Думе во время пребывания Иоакима в Москве, и побуждением к этому делу царь именно выставил бедственное состояние церкви греческой и возвеличение церкви русской: «По воле божией, в наказание наше, восточные патриархи и прочие святители только имя святителей носят, власти же едва ли не всякой лишены; наша же страна, благодатию божиею, во многорасширение приходит, и потому я хочу, если богу угодно и писания божественные не запрещают, устроить в Москве превысочайший престол патриаршеский; если вам это угодно, объявите; по-моему, тут нет повреждения благочестию, но еще больше преуспеяния вере Христовой». Духовенство и вельможи похвалили мысль царскую, но прибавили, что надобно приступить к делу с согласия всей церкви восточной, «да не скажут пишущие на святую нашу веру латыны и прочие еретики, что в Москве патриарший престол устроился одною царскою властию». Эти слова показывают, что в Москве знали о враждебных движениях на православие в Западной России и принимали их в соображение. Иоакиму дали знать о желании царя, и он обещал предложить об этом деле собору греческой церкви.
Летом 1587 года приехал в Москву грек Николай с объявлением, что патриархи цареградский и антиохийский уже созывали собор, послали за двумя другими патриархами, иерусалимским и александрийским, будут советоваться с ними и пришлют в Москву патриарха иерусалимского с наказом об учреждении патриаршества. Но через год, летом 1588, государю дали знать, что в Смоленск нечаянно приехал старший из патриархов, византийский Иеремия. В ответ на это извещение смоленские воеводы получили выговор, зачем патриарх пришел к ним к пристани безвестно? «Вперед так просто не делайте, чтоб на рубеж никакой посланник и никакой человек под посад безвестно не приезжал». Епископу смоленскому царь писал: «Если патриарх станет проситься у воевод в церковь Пречистой богородицы помолиться, то мы ему в церковь идти позволили: и у тебя в церкви в то время было бы устроено чинно и людно, архимандритов, игуменов и попов было бы много, встречал бы ты патриарха и чтил его честно, точно так же как митрополита нашего чтите». Пристав, отправленный встречать и провожать патриарха, получил наказ: «Разведать, каким обычаем патриарх к государю поехал, и теперь он патриаршество цареградское держит ли и нет ли кого другого на его месте? И кроме его нужды, что едет за милостынею, есть ли с ним от всех патриархов с соборного приговора к государю приказ? Честь к патриарху держать великую, такую же, как к здешнему митрополиту».
В Москве Иеремию поместили на дворе рязанского владыки; самого его велено было поместить в больших хоромах в горнице с комнатою; провожатых его, митрополита мальвазийского и архиепископа элассонского, в Столовой избе и в комнате, архимандриту дать подклет особый, а старцев и слуг устроить по подклетам. Греков, турок и других иноземцев не велено было пускать на двор, слуг патриарших со двора, если от митрополита Иова, от знатного духовенства и бояр станут приходить с кормом, таких людей пускать было позволено; если же какой иноземец станет проситься к патриарху или сам патриарх захочет видеться с каким-нибудь иноземцем, то приставы должны были ему отвечать, что скажут об этом боярам и посольскому дьяку Андрею Щелкалову. Купцов, приехавших с Иеремиею, поставили на литовском гостином дворе.