Как-то, когда собрались вместе князь Василий с сыном своим, князем Иваном, и преподобные архиепископы Иона-митрополит и владыка наш Иона, поведал князь святителям о своей глубокой обиде на Великий Новгород за то, что не почитает тот его, имеющего власть великого княжения над русскими, и потому решился он поднять руку на Великий Новгород. Иона же владыка отвечал за свой город и сказал князю в утешение много успокоительных слов. И так как князь был полон неостывающей обидой и великим гневом, то старец собрался с духом, и беря в свидетели митрополита, а скорее словно самого духа священства видя, сказал, что если не отведет князь от города его яростного ока, не сменит гнев на милость, и пренебрежет его мольбой о городе, и обрушит руку на послушных ему людей, и несправедливо будет судить ничем не обидевших его, тогда — вдумаемся в это — увидит и в детях его зависть, а вскоре за тем и раздоры. «Ныне же услышь мою просьбу, — говорил Иона, — и увещевания мои прими, как благочестивый князь и превосходящий других князей во многих добрых делах. Из-за какой-либо нечестивой клеветы не накажи невиновных, спокойно взирай на повинных и не отдавай в рабство свободных людей. Ведь для тебя самого приближаются дни, когда твой сын Иван возьмет в свои руки русские знамена, и об этом стремлюсь я вместе со всеми своими людьми усердно возносить молитвы к всесильному Богу. А больше всего прошу у Бога освобождения твоему сыну от ордынских царей за свободу моего города, а для тебя еще прошу, чтобы возвысил Господь десницу сына твоего надо всеми, и покорил он всех своих врагов, и чтобы прославился он больше предков своих, и чтобы княжеская власть укрепилась в его руках, и распространилась далеко, и чтобы сильные государства подчинились ему, если только будет жить он благочестиво и на подданных смотреть милостивым оком».
Этим пророчеством святителя старца усладился князь и обрадовался очень предсказанию освобождения сына его от власти ордынских царей, зная пророческую силу слов Ионы. И, с радостью восприняв слова о детях любимых, обещал архиепископу при митрополите охранять его людей и, уняв весь свой гнев, утвердив мир, его Великому Новгороду даровал. И просил князь у святителя твердого исполнения обещания Ионы сыну его. Помогал в этом и блаженный митрополит, и так они уповали на обещания Господа, ибо в святом Евангелии сказано: «Если двое вместе захотят просить о чем-либо, то чего бы ни попросили — даст вам Отец мой Небесный», и «когда стоите на молитве, прощайте, если что имеете на кого». Так и князь обиду и гнев на город оставил. А оба тезоименитых святителя стали молиться о прошении князя, чтобы получил он свободу от мучений татар и ордынских царей и чтобы утвердились в его руках русские знамена. А когда все замолчали, прослезился пресвятой старец и заплакал. Князь и митрополит очень удивились этому, желая узнать от него причину плача его. Он же сказал: «Никто не обидит такое множество людей моих, никто не смирит величия города моего, если только не раздерут их усобицы, не погубят их раздоры, не разведет их коварный обман, не развеет их зависть и хитрость. Однако при моей жизни да пошлет Господь мир и тишину и благословение людям моим». Тогда же архиепископ Иона просил обоих князей дать право своему монастырю самому решать свои дела, чтобы оградить монастырь от всякого притеснения и от самих княжеских наместников и чтобы всех крестьян и работников монастырских не судили. Ибо видел он в душе, что его люди не смогут из-за лжи и насилия удержать свободным до конца город свой, и просил для Отенской пустыни независимости навсегда. И вот князья с радостью исполняют эту просьбу, составив о том грамоту архиепископу и скрепив ее двойной позолоченной печатью с изображением обоих князей. Тогда же и сам князь Василий, поверив в обещанное ему от святителя, духовную грамоту составил, указав своим сыновьям и жене города во владение и то, какую им дань давать будущему великому князю, старшему сыну Ивану. А если же ордынские цари будут подстрекать их, чтобы не давали дани великому князю, тогда прогонит их Господь от лица русских князей.
И так с большими почестями и благоговением отпустили князья архиепископа нашего Иону. Князь с сыновьями и их бояре устроили торжественные проводы преподобному. И блаженный Иона-митрополит глубокую любовь к нему питал, также и князья были полны любви, видя в смирении Ионы мудрость и кротость, благодушный нрав добродетельного старца. И столь глубокая благодать была дарована ему от Бога перед всеми видящими и слышащими его, что никто не оспоривал его, но еще сильнее преклонялись перед ним, устыдясь его добродетелей, и все боялись непогрешимых слов уст его.