Нагрянувшее к вечеру 10 августа на место ЧП высокое флотское начальство, не осознавшее в полной мере случившегося и его последствий, приказало «к понедельнику ликвидировать все последствия аварии»,
то есть к 12 августа. А все, что с ней связано, тотчас упрятали за гриф секретности, при этом выдвинув легенду: мол, ничего страшного не случилось, просто на подводной лодке «произошел взрыв аккумуляторной батареи». Мало того, всех заставили расписаться в том, что произошел пожар на заводе (!?). Между тем, уже в первые сутки после аварии в госпитале и. Тихоокеанский и в спецотделении главного госпиталя ТОФ насчитывалось 114 человек, получивших высокие дозы радиоактивного облучения. Часть пострадавших была переправлена спецрейсом в военно-лечебные учреждения Ленинграда. Останки десяти погибших, собранные буквально по частям в разных местах бухты (по ним удалось опознать только флагманского механика капитана 2-го ранга В.Целуйко и командира 3-го дивизиона БЧ-5 капитана 3-го ранга А.Дедушкина), из-за их немыслимой радиоактивности предали огню в печи одного из заводов Большого Камня, а затем символический пепел поделили на 10 металлических капсул и захоронили на большой глубине в земле под толстым слоем бетона на территории могильника с радиоактивными отходами на мысе Сысоева. Вот их имена: капитан 2-го ранга Виктор Целуйко, капитаны 3-го ранга Анатолий Дедушкин, Владимир Комаров, Александр Лазарев, капитан-лейтенанты Валерий Коргин, Герман Филиппов, старшие лейтенанты Александр Ганжа, Сергей Винник, матросы Игорь Прохоров и Николай Хохлюк.Реакторный отсек аварийной лодки тоже залили бетоном, чтобы ослабить излучение. К-431 поставили на понтоны и 23 августа отбуксировали в бухту Павловского, где поставили в зоне строгого режима рядом с другими аварийными атомоходами. В замурованном бетоном отсеке, как показывают приборы контроля, радиационная обстановка весьма неблагоприятная, излучение, исходящее от реактора, достает до пирса. В последние годы К-431, как и другие стоящие рядом с ней аварийные атомные подводные лодки по причине обветшавшего, прогнившего корпуса неоднократно пыталась затонуть.
В результате взрыва на К-431 пострадали несколько боевых единиц ТОФ. Наиболее серьезно ПМ-133, а также дизельная и атомная подводные лодки. Причем атомная подводная лодка К-42 («Ростовский комсомолец»), которая только что заменила в реакторах активную зону, и готовилась к Боевой Службе, была настолько подвержена радиоактивному загрязнению, что ее пришлось также вывести из боевого состава флота и отправить в отстой.
В обвинительном заключении военного трибунала ТОФ, прозвучавшем в июле 1986 года, значатся 86 человек, которые подверглись радиоактивному облучению различной степени. Однако позже в специальном докладе независимой экспертной комиссии под руководством профессора А.Яблокова приводятся другие цифры. Так, повышенную дозу облучения получили 290 человек, острая лучевая болезнь развилась у капитана 3 ранга Ткаченко, еще у 39 отмечена лучевая реакция. К середине 90-х число только официально выявленных пострадавших превысило 950 человек. От лучевой болезни скончалось несколько участников ликвидации аварии. Печальный список не закрыт. Упоминавшийся приказ флотоводцев «ликвидировать к понедельнику (к 12 августа 1985 года) последствия аварии»
не был выполнен не то что «к понедельнику», но и спустя десятилетия. Причины тому – их собственное самоустранение со временем от этого дела, отсутствие средств и так далее. Правда, в 1992 году удалось осуществить то, что не сделали сразу: перезахоронить в специальный могильник радиоактивный хлам, который сваливали во время очистных работ в обычные ямы, вырытые неподалеку от поселка. На момент его перезахоронения он «выдавал» свыше 600 мР/час. И спустя годы в Шкотово-22 по-прежнему остается целый ряд локальных мест с радиоактивными аномалиями (опасными для людей на сегодняшний день не являются). Это, прежде всего сам эпицентр аварии и бухта, на дне которой осело около 75 % радиоактивного выброса. Его след под воздействием подводного течения отмечен в донных отложениях залива Стрелок и восточной части Уссурийского залива. Есть такие места и в жилой зоне, на территории промышленной зоны и примыкающего к ней леса, по побережью Чажмы (со временем люди свыклись с этой опасностью).