Новым и особенно важным источником политически мотивированной трансграничной эмиграции стал новый антисемитизм в Российской империи и других странах Восточной Европы. В период с начала 1880-х годов по 1914 год около 2,5 млн. евреев покинули Восточную Европу и устремились на запад. Не следует относиться к этому исходу - возможно, самому крупному перемещению населения в постбиблейской еврейской истории - как к очередному политически мотивированному потоку беженцев. Евреи, о которых идет речь, были частью более широкого движения людей, которые хотели улучшить свою жизнь за счет эмиграции на экономически более развитый Запад, но им также пришлось столкнуться с растущей враждебностью официальных властей в странах, где они родились. В 1870-х годах к востоку от Германского рейха проживало около 5,6 млн. евреев: 4 млн. при царе в особой "Палестине расселения", 750 тыс. в габсбургских землях Галиции и Буковины, почти 700 тыс. в Венгрии и 200 тыс. в Румынии. В Российской империи после вступления на престол Александра II в 1855 г. появилась надежда, что власти будут способствовать интеграции евреев в общество. Однако после подавления польского восстания 1863 г. произошло обратное: были отменены лишь некоторые дискриминационные законы. Последние годы правления Александра, убитого в марте 1881 г., были отмечены дальнейшими самодержавными репрессиями и все большим сближением с консервативными русскими националистами, которые видели в евреях своего главного противника. Тем не менее, хотя в 1870-е годы значительная часть некогда либерального общественного мнения также отвергла идею еврейской эмансипации, эмиграция не достигла драматических масштабов.
Картина изменилась с первой серией погромов в том же 1881 г. Причастность террориста еврейского происхождения к убийству царя стала поводом для масштабного антиеврейского насилия сначала на Украине, а затем и в Варшаве. Вопрос о том, в какой степени власти развязали погромы, а в какой они были "спонтанными" вспышками среди преимущественно городских низов, до сих пор остается дискуссионным. В любом случае, помимо общей бедности, большого количества детей в семьях, отсутствия перспектив трудоустройства и растущей уязвимости перед уличным насилием, еврейское население теперь столкнулось с официальной политикой, лишавшей его места в национальной жизни страны. В 1890-х годах почти все еврейские ремесленники и торговцы были жестоко выдворены из Москвы на запад, в Палеопоселение, а государство ставило серьезные препятствия на пути евреев (и других людей), желающих эмигрировать. Таким образом, для многих бегство из империи превращалось в нелегальную авантюру, зачастую с помощью подкупа коррумпированных чиновников, пограничников и полицейских. Данные о еврейской эмиграции можно с определенной степенью точности восстановить только на основе статистики стран назначения. Если в 1880-х годах из царской империи в Соединенные Штаты Америки (в первую очередь на ) выезжало в среднем 20 тыс. евреев в год, то в 1906-1910 годах эта цифра составила 82 тыс. человек. Этот рост был обусловлен отчасти ощутимой привлекательностью новой жизни за рубежом, а отчасти конкуренцией между судоходными компаниями, которые на рубеже веков значительно снизили стоимость трансатлантического переезда. О том, что преследования были не единственным фактором, стимулировавшим еврейскую эмиграцию, свидетельствует немалое число реэмигрантов в Восточную Европу - возможно, 15-20% в 1880-1890-е годы.
Эмиграция евреев из габсбургской Галиции в это время была вызвана главным образом крайней бедностью. После юридической эмансипации 1867 г. галицийские евреи получили полную гражданскую свободу и добились определенных успехов в социальной интеграции, хотя из-за отсутствия социально-экономических возможностей они не достигли больших успехов. В Галиции в 1890-х годах также наблюдались антиеврейские настроения, но правительство Габсбургов никогда официально не предпринимало никаких действий против евреев. В Румынии, которую Берлинский конгресс признал независимым государством в 1878 г., повсеместная бедность сочеталась с ранним и сильным антисемитизмом. Государство определяло еврейское меньшинство как антинациональное, максимально затрудняло его экономическую жизнь и не защищало от "стихийного" насилия. Западные великие державы пытались, но не смогли заставить бухарестские власти выполнить пункты Берлинского договора, предусматривавшие гражданские права евреев. Поэтому неудивительно, что ни в одном другом регионе Восточной Европы не было такого большого количества эмигрантов. В период с 1871 по 1914 год Румыния потеряла треть своего еврейского населения.