Ни в одной другой крупной стране XIX в. религия не была такой мощной религиозной силой, как в Японии. Даже в период Мэйдзи элита страны с глубоким подозрением относилась к христианству, которое практически исчезло после того, как было вырвано с корнем в начале XVII века. Для нее стало полной неожиданностью, когда в 1865 году в районе Нагасаки были обнаружены общины "местных христиан" общей численностью около 60 тыс. человек, которые более двухсот лет хранили веру в подполье. Но это был скорее курьез, чем прелюдия к новому росту христианства в Японии. После снятия в 1873 г. запрета на христианский прозелитизм католические, протестантские и русские православные миссии практически не имели успеха, а стигматизация христианства как "неяпонского" в условиях националистического подъема 1890-х гг. еще больше сократила его присутствие в обществе. Японская элита мобилизовала собственные ресурсы для придания вновь созданному имперскому государству религиозной и националистической легитимности, поставив в центр национальной религиозной жизни исконную синтоистскую традицию.
До 1868 г. синтоистские святыни и буддийские храмы существовали примерно на равных правах, а тысячи и тысячи местных святилищ, служивших для почитания божественных духов (ками), были интегрированы в повседневную жизнь людей. Новая олигархия Мэйдзи решила создать из хаоса упорядоченную национальную иерархию и утвердить государственный синто в качестве основы нового культа императора. На самом верху находилось святилище Исэ, посвященное богине Аматэрасу - мифической прародительнице императорской семьи и покровительнице всего народа. Императорские и национальные святилища щедро финансировались центральным правительством, их священники получили статус государственных служащих, а за каждым домохозяйством официально закреплялось по святилищу. Новые объекты, такие как храм Ясукуни в Токио, впоследствии будут использоваться для проведения церемоний поминовения жертв войны. Старый религиозный ландшафт Японии, локально раздробленный и удаленный от политики, был перекроен сверху и спрессован в национальную форму. Буддизм был унижен, а его монастыри и храмы поставлены под контроль в рамках своеобразного религиозного культуртрегерства. В течение нескольких лет была закрыта пятая часть буддийских храмов, многие тысячи монахов и монахинь были вытеснены в мир, уничтожено большое количество культовых предметов и художественных ценностей. Если сегодня в музеях США хранятся самые большие запасы японского буддийского искусства за пределами Азии, то это потому, что американские коллекционеры воспользовались возможностью выгодной сделки и спасли от уничтожения множество предметов. Новые харизматические религии, возникшие в начале XIX века, также вынуждены были уступить государственному синто.
Японское государство вмешивалось в религиозную жизнь больше, чем любое другое государство в XIX веке. Государственное синто стандартизировало религиозную практику с помощью нового ритуального календаря и общенациональной литургии, а синтоистское духовенство стало важной опорой политического порядка. Государство заложило новые религиозные традиции, а сакрализация власти вышла далеко за рамки союза трона и алтаря, который можно было себе представить в самых консервативных частях Европы. Это заложило основу для национализма, который рассматривал агрессивные войны 1931-1945 гг. как исполнение божественного мандата перед избранным народом-хозяином. 34 Государственное синто не было результатом переноса из-за границы. Молодые лидеры "обновления Мэйдзи" понимали, что их цель - национальная интеграция - вряд ли может быть достигнута без идеологической централизации под контролем государства. Идея национального государства была им смутно знакома по современной Европе, но их идеологический план в большей степени опирался на традиционную концепцию кокутай, возрожденную в 1820-х годах ученым Аидзавой Сейсисаем. Согласно этой теории, со времен золотого века древности Япония выделялась гармоничным слиянием государства и религии. Кокутай с его мифом о "национальной сущности" придал религиозный лоск возведению императора Мэйдзи в ранг ключевой связующей фигуры; ничто не мешало расистско-имперской интерпретации этой концепции единства. Новый интегральный национализм Японии не отставал от западных прецедентов. Он опережал свое время.