Незадолго до официального объявления войны Джимми, напуганный многочисленными признаками надвигающегося международного конфликта, отправился к британскому консулу, но дипломат успокоил тренера: ничего, мол, страшного, опасности ни для специалиста, ни для его жены и детей не предвидится. Однако, нарочно или непреднамеренно, консул ошибся. После начала войны Хогана арестовали как гражданина вражеского государства. В дело вмешались венские британцы, любители футбола, женившиеся в свое время на австрийках и потому избежавшие подобной участи. Они поручились за тренера и поселили его в одном из складских помещений, в то время как его семья была эвакуирована из страны при участии американского консульства. Отсрочка получилась лишь временной, и со дня на день Джимми Хоган должен был отправиться в лагерь для военнопленных, но и тут вмешательство поклонника футбола помогло англичанину. Барон Дирстей, выпускник Кембриджа и вице-президент венгерского клуба «МТК», договорился о должности тренера для Хогана, при условии, что тот будет каждый день отмечаться в полиции и с целым рядом других ограничений, которые, впрочем, все равно не шли ни в какое сравнение с пребыванием в лагере для военнопленных на территории вражеского государства. Так Джимми Хоган в очередной раз оказался заброшен в абсолютно новую для него среду и вынужден был учить очередной язык и приспосабливаться к совершенно другой футбольной культуре, не видя семью на протяжении долгих месяцев. Кроме того, ему предстояло собрать команду фактически заново, поскольку бо́льшую часть футболистов призвали на фронт.
Однако все это было лишь новым этапом любимого занятия Джимми: он получал очередной чистый холст, на котором мог рисовать все, что ему заблагорассудится. Даже в тех непростых условиях, в которых оказался специалист, он продолжал много учиться, собирая по крупицам всевозможные знания о местном футболе, выделяя принципы, могущие ему понадобиться впоследствии, и укладывая их в собственные схемы и теории.
В своем первом полном сезоне 1916/17 в Венгрии Хоган выиграл местный чемпионат, через год защитил свой титул и тут же помчался в Англию, к семье, которую не видел со времени их разлуки в Вене в 1914-м. Несмотря на то что он привык к Будапешту и вполне мог продолжить работу с местными клубами уже на своих условиях, тренер хотел дать Британии еще один шанс и попытаться осесть вместе со своей семьей на родной земле. Футбольная ассоциация страны обещала своим членам, вернувшимся с войны, финансовую помощь, и Хоган рассчитывал на эти деньги. Но Джимми даже не предполагал, насколько он заблуждался в своем вполне понятном ностальгическом порыве. Футбольные чиновники при первой же просьбе о помощи рассмеялись ему в лицо, сказав, что он должен благодарить судьбу за то, что не попал под трибунал из-за уклонения от воинской службы в военное время. Хогану поставили в вину то, что он не сбежал от Дирстея и венгерской полиции, в которой аккуратно отмечался каждый день на протяжении трех лет. Рядом с Джимми помощь получали футболисты и тренеры, которые продолжали заниматься футболом на протяжении всей войны, делая это в любительских клубах из-за приостановки официальных соревнований. Он лишь спросил, с ненавистью глядя в сытые самодовольные лица: а где воевали сами чиновники? И ушел, не дожидаясь ответа.
Было ли подобное отношение результатом его действий во время войны? Или это была часть островного высокомерного менталитета, отказывающегося воспринимать зарубежный опыт? Скорее всего, работа Джимми Хогана за границей сделала его отверженным в глазах чиновников от английского футбола, которые отныне воспринимали его не как настоящего англичанина, но как коллаборациониста и предателя. Единственным выходом для тренера было собрать вещи и вновь отправиться на континент, где он чувствовал себя востребованным и нужным. Здесь он работал с «МТК», с которым выиграл чемпионат Венгрии пять раз подряд, после чего тренировал швейцарский «Янг Бойз». Вместе с другим английским тренером, Тедди Даквортом, Хоган возглавил сборную Швейцарии и вывел ее в финал Олимпиады 1924 года. После этого последовали каденция в «Лозанне» и возвращение в «МТК», параллельно с которым Джимми тренировал сборную Венгрии, когда ему поступило одно из самых необычных предложений за всю его карьеру.