Тем не менее 8 сентября 2005 года в связи с начавшимся правительственным расследованием обвинений, выдвинутых Зинченко, Порошенко подал заявление об отставке с поста главы СНБО: «Я понимаю, что мое пребывание на должности секретаря Совета национальной безопасности и обороны Украины может быть расценено как возможность давления на ход расследования. В связи с этим, а также для предупреждения появления спекулятивных заявлений об использовании мной служебного положения для влияния на ведение прозрачного и объективного расследования я принял решение и вчера подал президенту Украины заявление о своей отставке с должности секретаря Совета национальной безопасности и обороны Украины». В тот же день Верховная Рада Украины 269 голосами «за» лишила его как представителя исполнительной власти депутатской неприкосновенности, а Служба безопасности Украины начала расследование по поводу обвинений в коррупции Порошенко, первого помощника президента Александра Третьякова, руководителя парламентской фракции «Наша Украина» Николая Мартыненко и ряда других высокопоставленных должностных лиц.
В результате разразившегося скандала Ющенко 8 сентября 2005 года отправил правительство Тимошенко в отставку. На следующий день этому событию были посвящены передовицы всех основных газет мира. Американская The New York Times, в частности, писала:
«Оранжевая революция заканчивается, по крайней мере ее первый акт. Президент Украины Виктор Ющенко после многих месяцев становившихся все более неприличными споров уволил своего харизматичного премьер-министра и назначил вместо нее временного опекуна.
Уволенная премьер-министр Юлия Тимошенко не сделала никаких заявлений — пока. Но она обязательно что-нибудь скажет. Ее зажигательные речи были одним из важных факторов в народном восстании, которое прошлой осенью привело к власти г-на Ющенко, и она, несомненно, повернет это свое оружие против президента и его нового правительства, особенно с учетом того, что на март следующего года запланированы выборы в украинский парламент.
Все это является серьезным ударом по надеждам и ожиданиям, связанным с будущим Украины, а также по реформаторам в Белоруссии и других бывших советских республиках.
Возможно, эти ожидания всегда были нереальными. Люди, объединившиеся в своем стремлении свергнуть одно правительство, как это сделали украинцы своими многочисленными демонстрациями, не обязательно единодушны в отношении того, каким должно быть следующее правительство, а союз между г-ном Ющенко, в прошлом премьер-министром и главным банкиром страны, и г-жой Тимошенко, которая сделала состояние в газовом бизнесе, всегда был шатким.
Г-н Ющенко и г-жа Тимошенко, сражаясь между собой из-за контроля над прибыльными отраслями экономики, из-за отношений с Россией и из-за того, как справиться с высоко взлетевшими ценами на энергоносители, бесцельно растратили кинетическую энергию, которая была выработана на улицах Киева. Создалось впечатление, что у правительства не было конкретной цели.
Уволив правительство, г-н Ющенко заявил, что его единственной целью является обеспечение стабильности. Но украинские демонстранты хотели перемен. Если г-н Ющенко надеется спасти хоть что-то из их душевного настроя, ему нужно убедить свою страну и очень настороженный Запад, что он не только верит в демократию, свободные рынки и главенство закона, но также способен повести Украину в этом направлении».
20 сентября 2005 года генеральный прокурор Святослав Пискун заявил, что генпрокуратура не нашла доказательств причастности Порошенко, Мартыненко и Третьякова к коррупционным действиям. Ющенко отправил правительство в отставку напрасно. Впрочем, 10 октября та же украинская генпрокуратура сообщила, что возбудила уголовное дело против Порошенко по подозрению в противодействии работе двух фирм, возводивших в Киеве здание на улице Грушевского, 9-а. Обвинение было предъявлено по ст. 205, часть 3, УК Украины, предусматривавшей лишение свободы сроком от 5 до 10 лет. Дело это развития не получило. Но в охватившем Украину очередном политическом кризисе общественное мнение страны оказалось не на стороне Ющенко. На парламентских выборах в марте 2006 года Блок Юлии Тимошенко впервые обошел «Нашу Украину» Ющенко по числу депутатов: оппозиционный БЮТ получил 129 депутатских мест, а президентская «Наша Украина» — всего лишь 81 место. Напомнм, что на предыдущих парламентских выборах 2002 года от БЮТ было избрано 22 депутата, а от «Нашей Украины» — 112.
Правительство Юрия Еханурова и газовый конфликт с Россией