Став командиром Португальского Легиона, генерал Алорна привлек на свою сторону в качестве начальника штаба и своего помощника генерала Мануэла Инасиу Мартинша Памплону.
Мануэл Инасиу Мартинш Памплона, будущий граф де Субсерра, также был уникальной личностью. Он родился в 1760 г., обучался математике в университете Коимбры и даже получил там ученую степень бакалавра. Затем он резко изменил свою жизнь и поступил кадетом в Сантаремский кавалерийский полк. В 1788 г. Памплона в качестве волонтера на стороне России участвовал в войне с Турцией, где и познакомился с Гомишем Фрейре де Андраде. В составе португальской вспомогательной дивизии Памплона принял участие в боях с французскими революционными армиями в Каталонии и под Руссильоном. Вернувшись в Португалию, в 1801 г. Памплона стал командиром 9-го кавалерийского полка, а в 1806 г. — бригадным генералом. Боевые заслуги генерала Памплоны были отмечены многими наградами: португальским орденом Христа, британским большим крестом Башни и Меча, российскими орденами Святого Александра Невского и Святого Владимира, испанским большим крестом Карлоса III и т.д.
Португальский Легион состоял из двух пехотных бригад под командованием генералов Жозе Каркоме Лобу и Жуана де Бриту Моузинью.
Все эти португальские генералы обладали достаточным боевым опытом. Алорне было 52 года, Гомишу Фрейре — 50 лет, Памплоне — 47 лет, Моузинью — 40 лет и т.д. У каждого из них были веские причины ненавидеть разоривших страну и сбежавших в Бразилию представителей рода Браганса, а также разваливших армию великовозрастных эмигрантов (в основном пруссаков), что, собственно, и стало главной причиной их перехода на сторону французов.
Как мы уже говорили, в апреле 1808 г. войска будущего Португальского Легиона по приказу Наполеона были отправлены в Испанию в Саламанку и Вальядолид и практически никакой помощи Жюно не оказали.
Впоследствии Португальский Легион принимал участие во многих наполеоновских походах, в т.ч. был и в России. В отдельные моменты численность Легиона доходила почти до 7 тыс. чел.
Солдаты Португальского Легиона имели характерную для португальской легкой пехоты униформу коричневого цвета, утвержденную Наполеоном 12 июля 1808 г.
Егеря-легионеры носили кивера португальского типа с приподнятой передней частью с белыми плюмажами и белыми шнурами (у гренадеров красные плюмажи и шнуры, у вольтижеров — красно-желтые плюмажи и зеленые шнуры).
У всех легионеров мундиры были пошиты из драпа коричневого цвета с красными стоячими воротниками, лацканами и нагрудными отворотами. Отделка, подкладка и пуговицы белого цвета. Погоны егерей были коричневыми с черным кантом (у гренадеров красные, у вольтижеров — красно-зеленые эполеты).
Панталоны егерей были того же цвета, что и мундир. Иногда они заправлялись в черные полугетры. Гренадеры элитных рот носили белые брюки с красными галунами и лампасами. Все перевязи и ремни были белыми. Вооружение легионеров составляли длинноствольные мушкеты со штыками и полусабли.
Конные егеря-легионеры носили драгунские каски португальского типа из черной кожи, отделанные коричневым медвежьим мехом. У конных егерей мундиры были однобортными, из драпа коричневого цвета с красными стоячими воротниками и лацканами. Пуговицы белые. Погоны егерей были коричневыми с красным кантом. Плащи коричневые. Панталоны конных егерей были трикотажными, венгерского типа, серого цвета с красными лампасами. Все перевязи и ремни были белыми. Черные кожаные сапоги со шпорами. Вооружение конных егерей составляли длинноствольные мушкеты и драгунские сабли.
Трубачи носили красные мундиры с позолоченной отделкой и коричневыми нагрудными отворотами. Панталоны синие с красными лампасами. Перевязи и ремни белые. Султан на каске белый.
Кроме созданного Португальского Легиона генералом Жюно для поддержания порядка в столице был сформирован из португальцев так называемый Легион Лиссабонской Полиции, состоявший из 1200 чел. и находившийся под командованием французского эмигранта графа Новиона. Этот же граф Новион в течение всего нахождения Жюно в Лиссабоне выполнял функции начальника его секретной полиции.
Кстати сказать, в Лиссабоне Жюно нашел немало своих соотечественников, по тем или иным причинам бежавших из Франции, и многие из них предложили ему свои услуги.