В конце сентября Троцкий провел в Москве реорганизацию Высшего военного совета в Революционный военный совет; в ходе этой реорганизации он столкнулся с сопротивлением Ворошилова из Десятой армии, самого крупного подразделения Красной армии на юге страны, где теперь сосредотачивались силы белых. 10-я армия оказалась главным камнем преткновения. Руководимая Сталиным, она блокировала все планы Троцкого, направленные на упорядочение и сколачивание всей армии; сам Сталин почти все лето 1918 года находился а Царицыне; в сентябре он стал главным комиссаром Южного фронта. Колчак к тому времени был разбит; у Троцкого было около полумиллиона людей под ружьем и почти полтора миллиона в армии вообще (после того как профсоюзы провели пятидесятипроцентную мобилизацию своего личного состава). После поражения Колчака встал вопрос об его изгнании из Сибири. Троцкий был против преследования разгромленных колчаковских частей: он предпочитал обеспечить безопасность европейской части России, а не подвергаться риску попасть в ловушку в Сибири, где, как предполагалось, у Колчака стояли резервные части. Возникновение весной 1918 года советских режимов в Баварии и Венгрии давало мощную поддержку большевикам и делало еще более целесообразным укрепление Европейского фронта.
Партийные комиссары Восточного фронта обратились непосредственно к Ленину; Троцкий был отозван. Как оказалось, он допустил стратегический просчет, сыграв на руку многочисленным личным врагам, которых сам себе и создал.
После разгрома Колчака Троцкий направился на Украину, где наступление Деникина развертывалось весьма успешно. Большевикам, и без того мало популярным в этих местах, к тому же непрестанно досаждали многочисленные анархистские отряды, партизанские банды, никому не подчинявшаяся Красная гвардия и другие не признававшие закона элементы, рыскавшие повсюду в обстановке почти полной дезорганизации и хаоса.
За Южный фронт отвечал Сталин; он сделал все возможное, чтобы максимальным образом использовать против Троцкого его ошибки и неудачи; ему удалось обыграть Троцкого в двух важнейших вопросах — в вопросе об отстранении назначенного Троцким командующего Восточным фронтом и в вопросе о перестройке Реввоенсовета. Сам Троцкий был оставлен председателем, но его приближенные были изгнаны и заменены комиссарами, которые конфликтовали с ним и которым покровительствовал Сталин.
Троцкий потерпел унизительное поражение и в третьем важном столкновении — по поводу Южного фронта, где линии Деникина тянулись от Волги и Дона до украинских степей на западе. Основные силы Деникина составляли донские казаки и Белая гвардия. Троцкий предлагал атаковать Белую гвардию, которая наступала на центральном и западном участках фронта. Он рассчитывал сыграть на отсутствии внутреннего единства между этими двумя частями деникинской армии и рекомендовал наступать на Харьков и Донбасс, чтобы отсечь казаков от Белой гвардии и использовать преимущества района, населенного просоветским и относительно пролетарским людом. Фактически он пытался опровергнуть чисто военные возражения командующего фронтом, исходя из веских общетеоретических социальных и экономических соображений. Эти соображения были снова отвергнуты Политбюро, которое постановило развернуть главную атаку на восточном направлении.
Через несколько недель фронт рухнул; Деникин занял почти всю Украину, включая Киев; он двигался кратчайшим путем на Москву.
Новая власть снова оказалась на грани катастрофы: Москва могла пасть. Троцкий снова потребовал перебросить основную часть армии с востока в центр для защиты Москвы. Предложение, хотя и с колебаниями, было наконец принято: в начале октября 1919 года армия Деникина подошла к Туле, последнему крупному городу перед Москвой, и одновременно Белая гвардия Юденича, вооруженная и поддержанная англичанами и их флотом, была уже почти в предместьях Петрограда.
Предложения Троцкого были приняты с опасным запозданием. Настроения в Политбюро круто изменились; даже Сталин присоединился к единодушному осуждению прежней стратегии. Троцкий воспрянул духом, ощутил очередной прилив энергии, который всегда испытывал, когда напряженная и опасная ситуация выдвигала его на передний край поддающихся контролю событий. Его оперативный план был приведен в исполнение; линия фронта была существенно сокращена;, боеприпасы начали поступать в изобилии. К этому моменту вражеские линии оказались чрезвычайно растянутыми. Вступил в игру и моральный фактор, который всегда был, так сказать, специальностью Троцкого. Он призывал бойцов совершить героические дела; его ораторские таланты очередной раз снискали бурные аплодисменты.