Большая часть японских войск прикрытия занимала хорошо укреплённые оборонительные сооружения. Только вдоль границы с СССР и Монголией в 1930-1940-е годы было возведено 17 укреплённых районов общей протяжённостью 1 тыс. км, в которых насчитывалось до 8 тыс. долговременных огневых сооружений (ДОС), основными вооружениями которых были 75, 105 и 120-миллиметровые пушки и пулемёты. Сильнее всего был укреплён участок между оз. Ханка и заливом Посьет на Приморском направлении (4500 дотов и ДОСов – 8 укрепрайонов, каждый из которых простирался на 50-100 км по фронту и до 50 км в глубину). На Южном Сахалине и Курильских островах береговые артиллерийские батареи были скрыты в железобетонных укрытиях, а гарнизоны расположены в долговременных сооружениях. Большинство японских фортификационных сооружений были надёжной защитой от огня полковой и дивизионной артиллерии. Многие сооружения в августе 1945 г. были разбиты лишь огнём 122 и 152-миллиметровых орудий корпусной артиллерии и артиллерии Резерва Главного Командования (РГК), подведённых на близкие расстояния. Глухая тайга, болота, горы на востоке, пустыни, бездорожье, хребет Большой Хинган на западе – все эти естественные препятствия казались японцам непреодолимыми для военной техники. Императорская Ставка и штаб Квантунской армии планировали измотать советские войска упорной обороной на линии приграничных укрепрайонов, после чего нанести контрудар из центральной части Маньчжурии, разбить противника и перенести войну на советскую территорию.
Основным направлением возможного главного удара советских войск и самым для себя опасным японское командование считало направление со стороны Монголии. Оно открывало прямой доступ к Чанчуню, но, по убеждению японских генералов и маршалов, здесь на стороне «расы богов» была матушка-природа: безводная пустыня Гоби считалась непроходимой для больших войсковых масс, а южные отроги Большого Хингана представляли собой невысокие, но труднопроходимые возвышенности. Здесь японское командование выставило сильные заслоны. Главная же группировка войск Квантунской армии в составе 1-го и 3-го фронтов создавалась на восточной границе Маньчжурии и советско-корейской границе – против «Приморского плацдарма» и Хабаровско-
Благовещенского района. Как впоследствии отмечали командующий 3-м японским фронтом генерал Усироку и начальник штаба 3-го фронта генерал Мураками, «по плану, разработанному с мая 1945 г., предполагалось дать решительное сражение наступающим частям Красной Армии на линии Чанчунь – Сыпингай – Мукден… В случае нанесения поражения советским частям в районе Чанчуня и Мукдена главные силы [3-го] фронта преследуют противника вдоль железной дороги (КВЖД) до станции Карымская… Войска 1-го фронта должны наступать на Хабаровск, Никольск-Уссурийский (Ворошилов), Владивосток». Авиации Квантунской армии ставилась задача с началом военных действий нанести массированные удары по советским авиабазам в Приморье, уничтожить на земле дивизии советской дальней бомбардировочной авиации и не допустить тем самым авиационных ударов по Японским островам, Корее и Маньчжурии.
Разработчики этого плана ошибочно полагали, что Советский Союз в результате войны с Германией будет ослаблен настолько, что не сможет выделить против Японии достаточно крупных сил. Также японские генералы полагали, что советские войска, подобно русской армии образца 1904–1905 гг., не способны осуществить наступление в высоких темпах в трудных условиях местности Дальнего Востока, усиленной мощными укреплёнными районами. Предполагалось, что, как и в 1904–1905 гг., наступление советских войск будет развиваться медленно, встретив отпор и понеся первые значительные потери, советские войска, подобно армиям «гениальных полководцев» Куропаткина и Линевича, перейдут к стратегической обороне. Японские генералы всерьёз рассчитывали, что их войскам удастся продержаться на линии пограничных укрепрайонов, отражая атаки советских войск, не менее полугода. Начало наступления советских войск в период летних дождей и разливов рек японцы считали маловероятным. После высадки англо-американских войск в метрополии император, его окружение и большая часть войск с Японских островов должны были быть эвакуированы на континент, и Маньчжурия автоматически превращалась в «последний оплот Империи». При подобном повороте событий, по мнению Императорской Ставки, японская армия в Маньчжурии и Корее смогла бы противостоять даже «превосходившим по силе и подготовке советским войскам» в течение года. Однако превосходства сил и подготовки над Квантунской армией со стороны советских войск как раз и не ожидалось.