Каждый день опричники сообщали Ивану о новых крамолах. Казни продолжались беспрерывно. Сотни семей были сосланы в Казанский край. В основном это были потомки старинных княжеских родов. Их земли, доставшиеся от удельных предков, отошли к царю и были розданы опричникам. Это навсегда подорвало княжеское землевладение на Руси. На Земском соборе 1566 года представители дворянства, дьяки и даже купцы потребовали отменить опричнину. Более трехсот знатных бояр обратились к царю с челобитной, в ответ всех их взяли под стражу. На их защиту поднялись церковные иерархи. Митрополит Афанасий в знак протеста сложил с себя сан и удалился в монастырь.
Иван Грозный с трудом уговорил занять место митрополита Соловецкого игумена Филиппа (Федора Колычева). Филиппу удалось выхлопотать прощение авторам челобитной. Казнили только троих. Некоторых избили палками, остальные отделались испугом. Митрополит Филипп так и не смирился с поведением царя. Однажды он прямо осудил царя во время службы. Филиппа арестовали, заковали в колодки, заключили в монастырь Св. Николая Старого и морили голодом. Потом Филиппа отправили в Тверь, в Отрочь-монастырь.
Под влиянием проповедей Филиппа Иван все-таки несколько стеснялся. Расправившись с неуступчивым митрополитом и казнив всех его родственников, царь во всей полноте начал проявлять свою необузданность. В сопровождении опричников он стал делать наезды на вотчины. Оправдывались эти наезды, конечно, поисками крамолы. После трапез пьяная орда вскакивала на коней и с дикими криками мчалась куда глаза глядят. Первая вотчина, встречавшаяся на пути, служила этапом. Разумеется, царя встречали с глубоким почетом. Его провожали в лучшую комнату, предлагали ему угощение. Все эти посещения имели одинаковый результат: Иван, придравшись к какой-нибудь мелочи, приказывал своим спутникам «пощупать ребра» у гостеприимных хозяев. Начиналось избиение, причем щадились только молодые, красивые женщины и девушки. Последних показывали царю, он выбирал из них одну или двух, а остальных отдавал опричникам. Иногда оргии длились два или три дня. Эти наезды Иван называл «выбором жен».
Когда осенью 1568 года сместили митрополита Филиппа, запуганная Боярская дума вынесла решение о суде над ним. Филиппа обвинили в «скаредных делах» и осудили на вечное заточение. Через два года верный царев пес Г. С. Скуратов-Бельский, получивший прозвище Малюта за свой малый рост, задушил митрополита в камере.
Террор совпал со страшными стихийными бедствиями. Начался голод, от которого погибло втрое больше людей, чем от погромов. Вместе с голодом пришла чума. Осенью 1570 года в Москве ежедневно умирало до тысячи человек. На всех дорогах стояли заставы. Под страхом смерти из зачумленных городов не выпускали никого. Казалось бы, настало время царю задуматься над общей бедою. Вместо этого царь учинил новую кровавую расправу.
Осенью 1569 года Иван получил донос от новгородского помещика Петра Волынского, что новгородцы хотят царя Ивана извести, а на трон посадить его двоюродного брата, Владимира Андреевича Старицкого. Владимира Андреевича вызвали в Москву, и он приехал к брату с женой и младшей дочерью. Их всех отравили, а мать Владимира Андреевича – княгиню Ефросинью, жившую монахиней в Горицком монастыре под Вологдой, – утопили в реке Шексне с двенадцатью монахинями.
Однако это была лишь прелюдия: в начале декабря опричное войско выступило в поход на Новгород. Иван решил подойти к Новгороду неожиданно и потому повелел на пути к нему убивать всех подряд, чтобы ни один человек не смог известить новгородцев о приближении опричного войска. Первыми жертвами похода на Новгород стали Клин, Вышний Волочек и Торжок. Опричники истребили там всех горожан – не только мужчин, но и женщин, и детей. Точное число их неизвестно, но счет шел на многие тысячи.
2 января 1570 года передовой опричный полк подошел к Новгороду. Основные силы были еще в пути, когда опричники опечатали казну в монастырях, церквах и богатых домах. Через четыре дня к городу подошел и сам царь, решивший в воскресенье 8 января торжественно вступить в город. В назначенный час архиепископ Пимен, главный враг Филиппа Колычева, встретил царя на мосту через Волхов. Он шел во главе группы священников, держа в руке животворящий крест Господень.
Царь должен был поцеловать крест, но он к кресту не подошел, а вместо этого закричал: «Ты не пастырь, а волк и хищник, и губитель, и в руках у тебя не крест, а оружие, и ты, злочестивый, хочешь вместе со своими единомышленниками передать Великий Новгород польскому королю». «Таковая яростная словеса изглаголав», писал летописец, царь Иван все же пошел вместе с архиепископом и опричниками в собор Святой Софии на богослужение, а потом в трапезную палату архиепископского дворца.