Отец Михаила богатый и знатный боярин Фёдор Никитич Романов приходился правившему тогда царю Фёдору Ивановичу двоюродным братом. На момент рождения долгожданного наследника ему было уже больше сорока лет.
Отец Михаила, Патриарх Филарет.
Вывод о возрасте Фёдора Никитича напрашивается из того факта, что его мать Варвара Ивановна Ховрина скончалась в 1555 г. – дата значится на ее могильной плите. Значит, ее сын Фёдор должен был появиться раньше, но ненамного, поскольку умер он в 1633 г. в возрасте 80 с лишним лет – так указано в хронографе. Поэтому приблизительной датой рождения Фёдора Никитича можно считать 1554 г.
Мать Михаила Ксения Ивановна Шестова принадлежала к седьмому колену боярского рода Салтыковых-Морозовых. Ее отец костромской дворянин И. В. Шестов оставил в наследство дочери село Домнино с 57 деревнями и починками в Костромском уезде и село Клементьево с 14 деревнями в Угличском уезде. Это было неплохим приданым для провинциальной боярышни.
Мать Михаила, Великая государыня старица Марфа.
Точный возраст матери Михаила даже приблизительно не известен. В источниках не сохранились сведения ни о дате ее рождения, ни о годе ее свадьбы. Исследователи лишь выяснили (при изучении родовой усыпальницы Романовых в Ново-Спасском монастыре), что первыми ее детьми были близнецы Борис и Никита, родившиеся и умершие в 1592 г. Через год в 1593 г. появилась дочь Татьяна, за ней – Михаил. Двое последних сыновей Ксении, Лев и Иван, умерли вскоре после рождения, соответственно в 1597 и 1599 гг.
Исходя из возраста детей, можно предположить, что Фёдор Никитич и Ксения Ивановна поженились приблизительно в 1590 г. В это время жених был уже в достаточно зрелом возрасте. Почему он не женился раньше, как полагалось первенцу в семье знатного боярина неизвестно.
Согласно данным голландского купца И. Массы, Фёдор Никитич был очень красивым мужчиной, ласковым ко всем и был так хорошо сложен, что московские портные откровенно говорили своим клиентам, если платье сидело на них хорошо: «Вы – второй Фёдор Никитич».
Не ясно также, почему один из самых завидных женихов страны выбрал в жены скромную провинциалку, не отличавшуюся яркой внешностью (судя по сохранившемуся ее портрету).
Можно лишь предположить, что Фёдор и Ксения поженились, чтобы продолжить традицию, существовавшую в знатных семьях. Она заключалась в том, что представители двух родов, породнившись один раз, предпочитали делать это и в дальнейшем. Можно вспомнить, что женой боярина Юрия Захарьевича, прадеда Фёдора Никитича, была боярышня И. И. Тучкова-Морозова.
В период правления царя Фёдора Ивановича жизнь Фёдора Никитича и членов его семьи протекала вполне благополучно. Все они считались царскими родственниками и занимали при дворе высокие места. В 1586 г. Фёдор Никитич после смерти отца стал боярином, его братья также находились у трона в чине стольников.
Теоретически Фёдор Никитич, как двоюродный брат государя, мог рассчитывать на корону. Ведь царствующая чета была бездетной. Но практически ближним боярином царя Фёдора был его шурин Борис Фёдорович Годунов, родной брат царицы Ирины. В руках его родственников и его самого были все нити по управлению государством. Братья же Фёдора Никитича были молоды и никаких постов в правительстве не занимали. В борьбе за власть с опытными Годуновыми они неминуемо проиграли бы.
Царь Фёдор Иванович, очевидно, это понимал, поэтому назвал своей наследницей супругу Ирину, предполагая, что та благословит на царство брата Бориса. Царица после смерти мужа в 1598 г. так и сделала, хотя для соблюдения всех формальностей был созван избирательный Земский собор.
Во время избирательной кампании братья Романовы не стали предъявлять свои права на престол, хотя и были кровными родственниками почившего монарха, а Борис Годунов таковым не являлся. Они скромно остались в стороне.
Став царем, Б. Ф. Годунов сначала даже возвысил Романовых. Фёдор Никитич остался при дворе на одном из наиболее почетных мест в Боярской думе, его брат Александр получил боярский чин, а Михаил стал окольничим.
Но вскоре стареющий царь Борис начал относиться с большим подозрением к дружным братьям Романовым. Он стал бояться, что те оттеснят от трона его юного сына Фёдора в случае его преждевременной смерти. Чтобы этого не произошло, он решил первым нанести удар по возможным соперникам.
По просьбе царя его родич С. Н. Годунов подкупил слугу А. Н. Романова – Второго Бартенева. Тот осенью 1600 г. подкинул в казну хозяина мешочек с корешками, которые в то время использовались для колдовства. Затем он написал донос на Александра и послал его в Боярскую думу.
Бояре тут же отправили окольничего М. М. Салтыкова для проведения обыска в доме А. Н. Романова. Естественно, что подброшенный мешочек был обнаружен и отправлен на экспертизу к патриарху Иову. Иерарх, всегда верно служивший Годунову, сделал нужный вывод: корешки предназначались для того, чтобы отравить царя Бориса. Романовых тут же обвинили в заговоре, цель которого заключалась в убийстве государя и захвате его престола.