Самозванец смог продержаться на престоле меньше года. Для многих представителей русской знати его авантюра стала слишком очевидной. Кроме того, их возмутило появление при московском дворе большого числа поляков, женитьба Лжедмитрия на католичке Марине Мнишек, попирание им многовековых русских обычаев и насаждение новомодных польских.
Сразу после свадьбы Лжедмитрия и Марины Мнишек 17 мая 1606 г. при дворе произошел переворот, организованный самым знатным князем Рюриковичей В. И. Шуйским. Он закончился свержением и убийством авантюриста. На царский престол с согласия бояр и москвичей сел главный заговорщик – боярин князь Василий Иванович Шуйский.
Новые изменения на царском престоле еще больше упрочили положение Романовых. Ведь вторая супруга деда Михаила, Никиты Романовича, была из рода князей Шуйских. Иван Никитич, будучи ее сыном, вошел в родственный круг нового царя и стал его ближним боярином. Михаил, несмотря на юный возраст, получил свою первую придворную должность – стольника. Во время царских пиров ему полагалось вместе с другими знатными юношами прислуживать почетным гостям.
Правда, часто пировать царю Василию не пришлось. Его права на престол для жителей западных городов, имевших много льгот от «царя Дмитрия», сразу же показались сомнительными. Ведь он не был родственником прежних царей, и его не избирал представительный Земский собор, как царя Бориса. В приграничных с Речью Посполитой городах даже стали распространяться слухи о том, что «царь Дмитрий» спасся, живет в Самборе у тещи и вновь собирает войско для похода на Москву против узурпатора Шуйского.
Осенью 1606 г. большое и разношерстное войско двинулось из Путивля на Москву. Его возглавил бывший боевой холоп И. И. Болотников, объявивший себя эмиссаром «царя Дмитрия Ивановича». В декабре болотниковцы окружили столицу и начали ее осаду.
Вновь Михаил с матерью и сестрой были вынуждены испытать чувство страха. Многие жители говорили, что столицу хотят захватить грабители, насильники и «кровоядцы». Ведь на самом деле никакого «царя Дмитрия» нет. Еще в мае он был убит, а его труп публично сожжен и пепел развеян.
В войске И. Болотникова многим провинциальным дворянам тоже стало казаться странным, что «царя Дмитрия» все еще нет. Ведь цель борьбы состояла в том, чтобы вновь посадить его на московский престол. Без него поход на Москву терял всякий смысл.
Об этих настроениях в войске противника узнал и царь Василий. Он тут же послал в стан болотниковцев своих лазутчиков, и те уговорили рязанских дворян во главе с воеводой П. Ляпуновым и других городовых дворян перейти на его сторону.
Измена большого отряда испугала И. Болотникова, и он отошел сначала к Калуге, а потом и к Туле, где соединился с другим самозванцем – царевичем Петрушей. Здесь восставшие были окружены царскими войсками и осенью 1607 г. сдались.
Наказав бунтарей, царь Василий решил, что со всеми смутами и крамолами покончено. Несмотря на преклонный возраст, в январе 1608 г. он женился на молодой княжне Марии Петровне Буйносовой-Ростовской. Царь надеялся, что та родит ему наследника, который займет его трон.
Марфе Ивановне сразу же удалось войти в ближний круг новой царицы в качестве родственницы, поскольку ее дочь Татьяна была замужем за князем И. М. Катыревым-Ростовским.
Правда, и на этот раз Романовым совсем недолго пришлось радоваться своему возвышению при царском дворе. Уже весной 1608 г. в Москву пришли вести о приближении еще одного войска под руководством нового авантюриста, называющего себя «царем Дмитрием».
Для современников и историков так и осталось тайной, кто на этот раз назвался именем давно скончавшегося «царевича Дмитрия»? Для всех было ясно лишь то, что он был безродным бродягой, хорошо знавшим Священное Писание и умевшим публично произносить речи. Именно за эти качества противники В. И. Шуйского и выдвинули его на роль «царя Дмитрия Ивановича». Характерно, что в его подлинность не верил уже никто: ни окружавшие его в первое время поляки, ни примкнувшие к нему русские дворяне. Для всех служба ему являлась средством обогащения и возвышения. Шляхтичи, прикрываясь его именем, грабили русские земли, дворяне получали при его дворе высокие чины.
Даже супруга первого самозванца Марина Мнишек, желая продолжить борьбу за московскую корону, признала в новом авантюристе своего мужа и стала с ним жить.
Летом 1608 г. Лжедмитрий II со своим разношерстным войском подошел к Москве и расположился в Тушине. В народе его тут же прозвали Тушинским вором. Взять большой и хорошо укрепленный город самозванец не мог. Поэтому он решил перекрыть все дороги, ведущие в столицу, и таким путем изолировать ее от остального мира.