Находившийся в изоляции от семьи Фёдор Никитич, ставший по воле царя Бориса монахом Филаретом, часто плакал и причитал о горькой участи дочери и сына: «Милые мои детки, маленькие и бедные одни остались. Кому их поить и кормить? Разве им сейчас живется так, как при мне было? Уж лучше бы Бог поскорее забрал их к себе, чтобы они не мучились».
Все это говорит о том, что детство будущего царя было очень тяжелым. В любой момент он мог умереть от голода, эпидемии или стать жертвой жестокости приставов. Но он остался жив, поскольку судьба выбрала именно его на роль спасителя Отечества и основателя новой царской династии.
Царь Борис напрасно боялся заговора со стороны Романовых и пытался сжить их со света. Беда пришла к нему совсем с другой стороны – из Речи Посполитой. Магнаты этой страны зорко следили за ситуацией в России. Когда они увидели, что всеобщее недовольство выборным государем достигло предела, то выдвинули своего претендента на престол – якобы спасшегося от наемных убийц царевича Дмитрия – последнего сына царя Ивана Грозного от Марии Нагой.
Истинный царевич Дмитрий скончался в 1591 г. в Угличе при неясных обстоятельствах. По версии правительственной комиссии, царевич сам покололся ножом в припадке эпилепсии. По утверждению его родственников, его убили наемники, подосланные Б. Ф. Годуновым.
Ставленник польских магнатов Лжедмитрий утверждал в рассылаемых по русским городам грамотах, что его спас от убийц некий вельможа. В раннем детстве тот заменил его другим мальчиком и воспитал в отдаленном монастыре. Поэтому в Угличе в 1591 г. погиб совсем другой ребенок. Теперь, возмужав, он хочет отомстить царю Борису за покушение на его жизнь и незаконный захват престола.
Когда Б. Ф. Годунов узнал о появлении в соседней стране «царевича Дмитрия», то приказал своим ищейкам выяснить его настоящее имя. От представителей православного духовенства они узнали, что Дмитрием назвался беглый монах кремлевского Чудова монастыря Григорий Отрепьев. Когда-то он состоял на службе у бояр Романовых, но потом принял постриг, полагая, что на духовном поприще его карьера сложится более удачно. Однако обрушившаяся на Романовых опала и длительное расследование их «дела» нарушили планы молодого честолюбца. Боясь ареста, он бежал в Литву. Там по совету князей Вишневецких и их друзей иезуитов монах-расстрига назвался царевичем Дмитрием.
Узнав правду, царь Борис, видимо, только рассмеялся и решил, что ему не стоит бояться такого соперника. Для окончательного разоблачения самозванца он лишь отправил в Речь Посполитую дядю Григория – дворянина Смирного Отрепьева для его разоблачения. Но тому не удалось встретиться с племянником.
Многим представителям польской знати понравилась авантюра «царевича Дмитрия». Она позволяла под его руководством вторгнуться на территорию Русского государства и заняться там грабежами. Поддержал самозванца и польский король Сигизмунд III, мечтавший любым путем досадить Б. Ф. Годунову, а в случае удачи посадить на московский престол своего ставленника. Поэтому очень скоро под знамена «Дмитрия Ивановича» стало собираться войско. В его состав вошли даже такие известные польские магнаты, как князья Вишневецкие и самборский воевода Юрий Мнишек. Последний даже согласился отдать за мнимого царевича свою дочь Марину, если тот сядет на московский престол.
Даже в России у «царевича Дмитрия» появились свои сторонники. Это были лица, недовольные правлением Годунова. После опалы на Романовых их число постоянно росло.
Поэтому, когда в октябре 1604 г. небольшое войско Лжедмитрия вторглось на русскую территорию, его ждал там успех. Некоторые северские города сразу же сдались ему без боя, а посланное против него царское войско сражалось вяло и безынициативно.
Исход противостояния решила смерть царя Бориса 13 апреля 1605 г. Его наследник царевич Фёдор не смог закрепиться на престоле и был свергнут в ходе московского восстания 1 июня 1605 г. Царское войско, стоявшее всю зиму под Кромами, присягнуло самозванцу.
В итоге 20 июня 1605 г. под звон колоколов Лжедмитрий I торжественно въехал в Москву. Горожане радостно его приветствовали, а бояре и служители двора поклялись преданно служить.
С воцарения самозванца участь маленького Михаила Романова счастливо переменилась. Лжедмитрий объявил себя защитником и покровителем тех, кто был несправедливо и жестоко наказан Б. Ф. Годуновым. Всех оставшихся в живых Романовых вернули из ссылки. Марфе Ивановне, несмотря на монашество, было позволено поселиться с детьми в доме на Варварке. Филарет вскоре был рукоположен в ростовские митрополиты. Иван Никитич, дядя Михаила, получил боярство и занял почетное место при дворе вместе с другими родственниками: Ф. И. Шереметевым, И. Б. Черкасским, Б. М. Лыковым и др.
Так, после четырехлетнего скитания юный Михаил смог вновь вернуться в родной дом и встретиться с обоими родителями. Правда, прежнее семейное счастье уже нельзя было вернуть. Ведь отцу и матери полагалось теперь служить Богу, а не заботиться о своих детях.