К стрельцам на Постельное крыльцо вышла Софья. Неизвестный очевидец событий, описавший их позже в летописи, сообщаем: «И царевна стрельцам говорила многое время, что, не слышать издали»; а царский дед в это время «стоял на нижнем рундуке» в ожидании решения своей участи. Автор этого рассказа, несомненно, находился в толпе народа на площади перед дворцом, поэтому и не мог расслышать слов Софьи. Вероятно, некоторые выборные требовали казни Нарышкина, но царевна уговорила сохранить ему жизнь. Летописец сообщает: «…стрельцы пошли, и боярин Кирила Полуехтович трожди [бил] стрельцам в землю челом, а за что, не ведомо, не слышать, что говорили».{95} В тот же день Кирилл Полуектович был пострижен в Чудовом монастыре под именем Киприан, а на следующий день вместе с младшим сыном Федором под конвоем из пятидесяти стрельцов отправлен к месту ссылки — в Кирилло-Белозерский монастырь.
Приведенное выше свидетельство очевидца показывает, что Софья, как и во время трехдневного мятежа, продолжала выступать в роли главной представительницы царского семейства, удерживая восставших от дальнейших расправ. Как верно заметил С. М. Соловьев, «Софья выдвинулась сама собою на первый план, и никто ей не мешал: это было единственное лицо из царского дома, которое хотело управлять, и всё волею-неволею обращалось к ней, к ней обращались и стрельцы со своими просьбами или требованиями, и, разумеется, Софья спешила удовлетворить их».{96}
Вне всякого сомнения, царевна проявляла властные полномочия не только для удовлетворения стрелецких требований, но и для руководства государственным аппаратом, который после трехдневного перерыва начал работать бесперебойно. Уже 17 мая вместо погибших и опальных сановников были назначены новые руководители основных государственных учреждений. Во главе важнейшего в условиях восстания Стрелецкого приказа был поставлен князь Иван Андреевич Хованский — единственная в тот момент фигура, которая удовлетворяла требованиям мятежных стрельцов. Историк С. К. Богословский пишет, что Хованский вступил в управление Стрелецким приказом «неизвестно по чьему указу». Однако Андрей Матвеев утверждает, что еще в дни кровавых расправ 15–17 мая Иван Михайлович Милославский, «в сторону уклоняся тайно», представил «царевне Софии Алексеевне, чтоб тогда всё правление то стрелецкое поручить… боярам, князю Ивану Андреевичу и сыну его князю Андрею Ивановичу Хованским».{97} Сам Милославский возглавил Рейтарский, Пушкарский и Иноземный приказы. Таким образом, два организатора дворцового переворота взяли под контроль армию и стрелецкое войско. Князь Василий Васильевич Голицын был назначен начальником Посольского приказа и примыкавших к нему финансовых учреждений. Молодой князь Андрей Иванович Хованский встал во главе Судного приказа.
В то же время новые назначения коснулись и лиц, прежде поддерживавших разгромленную группировку Нарышкиных: боярин князь Иван Борисович Троекуров получил в свое управление Поместный приказ. Ямской приказ, прежде соединенный со Стрелецким, стал теперь самостоятельным учреждением, и во главе его был поставлен Иван Федорович Бутурлин-Сухорукий. Чуть позже крупные государственные посты получили два виднейших представителя Боярской думы, не участвовавшие в борьбе придворных группировок. Престарелый князь Никита Иванович Одоевский 20 мая был назначен руководителем Большой казны и Большого прихода, а в июне боярин Петр Васильевич Большой Шереметев возглавил Оружейную палату. Оценивая эти назначения, С. К. Богоявленский заметил: «Никогда еще высшая московская бюрократия не имела столь ярко выраженного аристократического характера, не включала в свой состав так много представителей знатнейшего боярства, как после восстания стрельцов, направленного против самовластия бояр».{98}
Между тем мятежное стрелецкое войско продолжало диктовать правительству свои требования, причем часто оказывалось, что они соответствуют интересам «партии» Милославских. 20 мая стрельцы подали челобитную, «чтоб великий государь указал сослать в ссылку» постельничего Алексея Лихачева, окольничего Павла Языкова, чашника Семена Языкова, всех Нарышкиных, Андрея Матвеева и других лиц, неугодных Милославским.
В то же время торжествующие мятежники не забывали и о собственных интересах. Днем раньше стрельцы, солдаты и пушкари били царю челом о выплате «заслуженных денег» с 1646 года. По подсчетам просителей, не стеснявшихся выдвигать непомерные требования, задолженность государства составила 240 тысяч рублей. Кроме того, Софья Алексеевна еще раньше распорядилась о пожаловании стрельцам по десять рублей на человека, что в целом составляло около 20 тысяч. Таких средств в казне не оказалось, поэтому было «велено сбирать со всего государства, брать и посуду серебряную и из нее делать деньги».