За орденом, епископскими кафедрами и их капитулами следовало светское рыцарское сословие, которое владело замками на земле ордена или духовенства на ленных правах. Вся страна была покрыта, таким образом, более чем полутораста укрепленными замками. Рядом с духовенством и рыцарством стояли граждане нескольких значительных городов, каковы: Рига, Ревель, Дерпт, Пернава, Вольмар, Нарва и некоторые другие; они пользовались самоуправлением, т. е. имели собственные выборные чины, признанные в то же время верховною властью епископов или ордена.
Единственным объединяющим все эти четыре сословия учреждением с XV века служили общие сеймы, или ландтаги, куда собирались уполномоченные от ордена, духовенства, земского рыцарства и городов. Сеймы созывались обыкновенно магистром и собирались по преимуществу в городе Вольмаре, по его серединному положению в стране. Только постановления или рецессы этих сеймов считались обязательными для всей страны и для всех сословий. Но при недостатке общей исполнительной власти, сеймовые решения нередко оставались недействительными и не могли прекратить внутренние раздоры между разными сословиями, а в особенности борьбу между светскою и духовною властию. Наконец, рядом с сими господствующими сословиями, состоявшими из пришлых немцев, жило большинство населения, покоренное, крепостное и бесправное, принадлежавшее к племенам чудскому и литовскому, которое с ненавистью сносило свое иго и при случае готово было восстать против своих притеснителей.
Распространившаяся около того времени в Ливонии реформация еще более усилила существовавший там политический хаос. Реформация проникла сюда из Пруссии. Один школьный учитель и вместе последователь Лютера, по имени Кнеппен, спасаясь от преследования местного епископа, в 1521 г. убежал из Пруссии в Ригу и здесь успешно начал распространять Лютерово учение. В числе его последователей и пособников явились бургомистр города Дуркоп и городской секретарь Ломиллер. Попытки рижского архиепископа Бланкенфельда строгими мерами подавить партию реформации в Риге оказались безуспешны при том самоуправлении, которым пользовался этот богатый город; а из Риги евангелическое учение стало распространяться и по другим местам, между прочим в Ревеле и Дерпте, которые после Риги были наиболее значительными городами. Магистр ордена Плеттенберг сам питал расположение к реформации. По примеру тевтонского гроссмейстера Альбрехта Бранденбургского, он мог бы попытаться, вместе со введением реформы, обратить Ливонию в светское герцогство; но, находясь уже в престарелом возрасте, он не рассчитывал на основание собственной династии. Поэтому Плеттенберг отнесся к делу реформы сдержанно и во время борьбы с ней духовенства вел себя нейтрально; но в распре Риги с архиепископом явно принимал сторону горожан. Чтобы подкрепить католическую партию, архиепископ, при помощи рижского капитула, выбрал своим коадъютором и вместе преемником маркграфа бранденбургского Вильгельма, который был братом помянутому Альбрехту. Но маргкраф Вильгельм явился далеко не ревностным противником реформации: он более заботился о сохранении себе архиепископских владений и доходов. Точно так же отличались веротерпимостью и преемники Плеттенберга (умершего в 1535 г.). В Ливонии отражались события, волновавшие тогда Германию. Так здесь явились подражатели секте анабаптистов и иконоборцев, производившие разные бесчинства; они выбрасывали из церквей алтари и статуи, выгоняли монахов и монахинь из монастырей и даже разрушали церкви. Между прочим, в Дерпте они не пощадили и православного храма, сооруженного для русских купцов. Когда в Германии образовался Шмалькальденский союз для защиты реформации, город Рига пристал к этому союзу. По смерти Бланкенфельда (1539 г.) рижане в течение нескольких лет отказывались принести обычную присягу новому архиепископу, т. е. Вильгельму Бранденбургскому, как своему светскому государю и уступили только под условием свободы вероисповедания. Эта свобода, наконец, была признана архиепископом и епископами для всей Ливонии на Вольмарском сейме 1554 года. Таким образом, к дроблению населения на отдельные сословия и народности присоединилось еще церковное разделение на католиков и протестантов.