Начиная от Смоленска, Иеремию провожал почетный московский пристав, а при въезде в Москву его встретили бояре и множество народу. В его свите находились митрополит монемвасийский Иерофей и архиепископ елассонский Арсений. (Оба они оставили нам описание сего путешествия.) Патриарха со свитой поместили на Рязанском подворье и снабжали обильными кормами, однако приставы обязаны были никого из посторонних к ним без своего ведома не допускать и о всех своих разговорах с ними передавать боярам и посольскому дьяку Андрею Щелкалову. Так обыкновенно поступали у нас с иноземными посольствами. Торжественный царский прием гостей в Золотой палате состоялся 21 июля 1588 года. Федор Иванович сидел на дорогом троне в полном царском облачении, окруженный многочисленным, блестящим двором. Царь принял благословение от патриарха и дары, состоявшие в частицах мощей и в других святынях, и чрез казначея Траханьотова объявил ему щедрые подарки с своей стороны. После чего патриарха отвели в Малую Ответную палату, где он беседовал с Борисом Годуновым, причем рассказал ему о бывших своих цареградских злоключениях, о своем путешествии чрез литовские земли, разговоры с канцлером Яном Замойским и пр. Но, по-видимому, об учреждении русского патриаршества тут не было речи. Только спустя несколько месяцев, постепенно, посредством приставов, московское правительство искусно вовлекло Иеремию в переговоры об этом важном деле. Он не вдруг дал свое согласие на учреждение русского патриаршества; потом согласился, но под условием самому остаться для сего в России. Когда приставы о его решении дали знать боярам, а те царю, тогда только открыты были официальные переговоры, которые уже прямо взял на себя Борис Годунов.
Московское правительство — точнее Годунов — очевидно, желало просто возвести в сан патриарха своего человека, т. е. митрополита Иова, а никак не приезжего грека, не знавшего ни русского языка, ни русских внутренних отношений. Чтобы устранить последнего, оно поступило с обычной дипломатической ловкостью: Иеремии предложили быть русским патриархом и жить в древнем стольном Владимире-Залесском. Иеремия не соглашался на это условие и говорил, что патриарх должен жить при государе, т. е. в Москве. Ему отвечали, что царь не хочет обидеть своего отца и богомольца митрополита Иова, удаляя его из Москвы. После долгих переговоров, конечно сопровождавшихся щедрыми дарами и обещаниями, Иеремия наконец отказался от своего намерения остаться в России и согласился поставить для нее патриарха из русских архиереев. Созвали духовный собор, который совещался о чине поставления патриарха и избрал трех кандидатов на сие достоинство, митрополита Иова, архиепископов новгородского Александра и ростовского Варлаама, предоставляя окончательный выбор государю. Но этот выбор был известен заранее: государь указал на Иова. Торжественное посвящение его в патриарха происходило 26 января 1589 года в Успенском соборе; оно совершено было Иеремией в сослужении с русскими архиереями. Впрочем, чин поставления патриаршего мало чем разнился от обычного у нас митрополичьего. По окончании обряда царь говорил новому патриарху речь; сей последний отвечал ему также обычным словом. После того происходил пир в государевом дворце. Во время обеда Иов встал из-за стола и, в сопровождении большой свиты и хора певчих, отправился на осляти вокруг «Стараго города» (Кремля), причем осенял крестом и кропил святой водой городские стены; после того воротился во дворец и опять занял свое место за столом. На другой день была торжественная трапеза у патриарха Иова. Тут снова при подаче третьей яствы он вышел из-за стола, и, сев на осля, объехал вокруг города «Большого каменного» (или Белого города, только что построенного); причем часть пути его осля вел за повод сам Борис Федорович Годунов.
Спутник Иеремии, архиепископ елассонский Арсений, описывая церемонии и пиры, которыми сопровождалось учреждение патриаршества, много говорит о роскоши и великолепии Московского двора и с особым восторгом рассказывает о приеме обоих патриархов и других архиереев, происходившем 27 января у государя в Золотой палате, откуда они перешли в покои царицы Ирины. Он восхищается ее красотой и приятной речью, говорит о ее жемчужной короне с 12 зубцами, в ознаменование 12 апостолов, и унизанной жемчугом бархатной одежде; после нее стояли царь и Борис Годунов, а потом многие боярыни в белых, как снег, одеяниях, со сложенными на поясе руками. Между прочими подарками, она вручила Иеремии драгоценную чашу, обильно украшенную жемчугом и самоцветными камнями, и просила его молить Бога о даровании ей наследника Русской державы. В Москве не жалели тогда дорогих камней, серебряных сосудов, шелковых тканей и соболей для раздачи иноземным гостям, чем, конечно, и приводили их в восхищение. Вообще Московскому двору недешево обошлось исполнение его давнего желания относительно русской патриаршей кафедры.