В особенности Борис и его доверенные клевреты добирались до Романовых-Юрьевых, которые казались ему наиболее опасными по своей близости к последним царям Владимирова дома и по народному к ним расположению. Клевретам Годунова удалось подговорить некоего Бартенева, дворового человека и казначея одного из пяти братьев Никитичей —
как их тогда называли — именно Александра. Летописец рассказывает, что Семен Годунов дал Бартеневу мешки с разными кореньями; тот подбросил их в кладовую Александра Никитича, а потом явился с доносом на своего господина, у которого будто бы припасено какое-то отравное зелье. Послали обыскать кладовую и, конечно, нашли означенные мешки. Делу постарались придать большую огласку: мешки привезли на двор к патриарху и коренья высыпали в присутствии многих людей. Братьев Романовых взяли под стражу; взяли также их родственников и приятелей князей Черкасских, Репниных, Сицких и др. Их слуг подвергли пыткам, стараясь вымучить от них нужные показания, но большей частью безуспешно. Обвиненных долго судили. В июле 1601 года последовал приговор. Старшего из братьев Романовых Феодора Никитича, которого как самого даровитого и предприимчивого опасались более всех, постригли под именем Филарета и сослали в Антониев Сийский монастырь, в Холмогорском краю; жену его Ксению Ивановну, урожденную Шестову, также постригли, под именем Марфы, и сослали в Заонежье; Александра Никитича сослали в Усолье-Луду около Белого моря, Михаила Никитича в Пермский край, Ивана Никитича в Пелым, Василия Никитича в Яренск; их родственников и друзей также разослали по разным монастырям и городам. Трое из братьев не выдержали суровой ссылки и многих притеснений от своих приставов и вскоре скончались, именно: Александр, Михаил и Василий. Остались в живых Филарет и Иван. Последний вместе с князем Черкасским возвращен был в Москву. Но Филарет Никитич оставался в заточении; к нему приставлены шпионы, которые должны были доносить о всех его речах. Филарет вначале был осторожен, и приставу Воейкову в это время не приходилось доводить до сведения царя какие-либо откровения со стороны постриженника. «Только, когда жену вспомянет и детей, — писал пристав, — то говорит: Малыя мои детки! маленьки бедныя остались; кому их кормить и поить? Так ли им будет теперь, как им при мне было? А жена моя бедная! живали уже? Чай она туда завезена, куда и слух никакой не зайдет. Мне уж что надобно? Беда на меня жена и дети: как их вспомнишь, так точно рогатиной в сердце толкнет. Много они мне мешают; дай Бог слышать, чтобы их ранее Бог прибрал. И жена, чай, тому рада, чтобы им Бог дал смерть; а мне бы уж не мешали; я бы стал промышлять одною своею думою; а братья уже все, дал Бог, на своих ногах». Спустя три года (в 1605 г.) пристав Воейков уже жалуется на сийского игумена Иону за то, что он делает разные послабления старцу Филарету. А о последнем доносит, что он «живет не по монастырскому чину, смеется неведомо чему и говорит про мирское житье, про ловчих и про собак, как он в мире жил, и к старцам жесток, бранит их и бить хочет, и говорит им: увидите, каков я впредь буду». Эта перемена в поведении Филарета, вероятно, находилась в связи с изменившимися обстоятельствами: в то время и на отдаленный север, конечно, уже достигли слухи об успехах самозванца и ожидания близкой гибели Годуновых.К унынию, распространенному опалами, пытками, ссылками и даже казнями (вопреки обещанию, данному во время царского венчания), прибавились и физические бедствия. В 1601 году настал страшный голод вследствие чрезвычайно дождливого лета, которое не дало хлебу созреть, и раннего мороза, который его окончательно побил. Голод был до того силен, что люди щипали траву, подобно скоту, или ели сено; тайком ели даже человеческое мясо и во множестве умирали. Борис хотел милостями привлечь народ и велел раздавать деньги бедным людям. Но эта мера вызвала еще большее зло: в Москву двинулись жители окрестных областей и гибли голодной смертью на улицах или по дорогам. К голоду присоединилась моровая язва. В одной Москве, говорят, погибло около полумиллиона. Только хороший урожай 1604 года прекратил, наконец, бедствие. Около этого времени, чтобы дать работу черным людям, царь велел сломать деревянный дворец Грозного и на его месте возвел новые каменные палаты в Кремле. (В 1600 г. окончена им знаменитая колокольня Ивана Великого.)