Завоеванием Кучумовой столицы, однако, война далеко еще не кончилась. Сам Кучум нисколько не считал для себя потерянным свое царство, которое наполовину состояло из кочевых татарских улусов и бродячих инородцев; соседние степи, куда казаки не могли за ним следовать, представляли ему надежное убежище; отсюда он мог делать внезапные нападения на казаков, и потому борьба с ним затянулась потом на довольно продолжительное время. Особенно опасен был предприимчивый царевич Магметкул, скоро успевший оправиться от своих ран. Уже в ноябре или декабре того же года он подстерег небольшой отряд казаков, беспечно занимавшихся рыбной ловлей на ближнем Абалацком озере, и нечаянным нападением почти всех перебил. Это была первая чувствительная потеря, которая очень огорчила Ермака и всю его дружину. Ермак начал изыскивать средства к отмщению. Наконец следующей весной от одного преданного себе татарина он узнал, что Магметкул расположился станом на реке Вагае (левый приток Иртыша между Тоболом и Ишимом), верст за сто от города Сибири. Посланный против него отряд казаков, в свою очередь, внезапно напал ночью на его стан и многих татар убил, а самого царевича захватил в плен живым. Потеря храброго царевича нанесла сильный удар Кучуму и на некоторое время обезопасила казаков от его предприятий. Но число их уже сильно убавилось; военные запасы истощились, тогда как предстояло еще много трудов и бйтв, чтобы докончить покорение Сибирской земли и упрочить там русское владычество. Поэтому была настоятельная нужда в русской помощи.
Уже вскоре по взятии города Сибири Ермак и его товарищи отправили к Строгановым вести о своих успехах; а потом с теми же вестями послали в Москву к самому царю Ивану Васильевичу атамана Ивана Кольцо с несколькими казаками и с дорогими сибирскими соболями, а также с просьбой прислать им царских ратных людей на помощь.
Меж тем как доблестная казацкая дружина завоевывала Москве новое татарское царство, в Пермском краю произошло событие, которое повлекло на Строгановых гнев Грозного царя и новую опалу на товарищей Ермака. Пользуясь тем, что в Пермском краю оставалось мало ратных людей, какой-то пелымский (вогульский) князь пришел с толпами остяков, вогулов и вотяков, доходил до Чердыни, т. е. до главного города этого края, а потом обратился на Камское Усолье, Канкор, Кергедан и Чусовские городки, выжигая окрестные села, погосты и посады и забирая в плен крестьян. Строгановы едва отстояли от неприятелей свои городки. Чердынский воевода Василий Пелепелицын, может быть, и без того недовольный привилегиями Строгановых и их неподсудностью себе, воспользовался этим нападением для их обвинения. В своем донесении царю Ивану Васильевичу всю вину претерпевшего Пермским краем опустошения он свалил на Строгановых: они-де без царского указа призвали в свои остроги воровских казаков, на вогуличей и вотяков посылали и их задрали, с сибирским салтаном ссорили русских людей; когда же пришел пелымский князь, государевым городам своими ратными людьми не помогли; а Ермак с товарищами, вместо того, чтобы оборонять Пермскую землю, пошел воевать на вогулов, остяков и татар. Вследствие этого донесения Строгановым отправлена из Москвы немилостивая царская грамота, подписанная дьяком Андреем Щелкаловым и помеченная 16 ноября 1582 года.