Учреждение патриаршества имело более внешнее значение. Оно окончательно установило полную автономию Русской церкви или ее независимость от Константинопольского патриарха и возвысило Московского первосвятителя на степень, равную с древними восточными патриархами. Но внутренняя зависимость нашей иерархии от верховной власти не только не изменилась, а еще более упрочилась с развитием царского самодержавия. При таком развитии власть московского митрополита, а потом патриарха по отношению к другим русским епископам была незначительна и имела только характер старшинства. Высшим духовным авторитетом на Руси, как и в прежние века, представлялся съезд или собор иерархов. Московский митрополит был естественным председателем на соборе, а за его отсутствием или при выборе нового митрополита место председателя занимал старший по нем иерарх, преимущественно архиепископ Великого Новгорода. Совершившееся недавно объединение государственное, конечно, вызывало настоятельную потребность и в более тесном объединении церковном, ибо в эпоху удельной раздробленности областная иерархия неизбежно вырабатывала многие черты местных отличий и неодинаковых обычаев. Поэтому мы видим, что в XVI веке особенно часто собираются церковные соборы, и собираются, очевидно, по желанию самой государственной власти. Кроме разных вопросов, касавшихся внутреннего благоустройства Русской церкви и упорядочения ее обрядовой стороны (примером чему в особенности служит собор Стоглавый), соборы эти созывались частью по вопросу о поземельных владениях духовенства, поднятому в конце княжения Ивана III, частью по поводу разных ересей, которым толчок дало известное движение так наз. жидовствующих.
Что касается до вопроса о праве духовенства владеть населенными землями, против которого восставали Нил Сорский и его последователи, то, несмотря на вышеуказанные попытки Ивана III и Ивана IV к ограничению итого права, в конце концов оно осталось почти непоколебимым. Иосифу Волоцкому и его ученикам нетрудно было отстоять вообще церковное и в частности монастырское землевладение потому, что оно наиболее соответствовало условиям и потребностям Московского государства, русской общественности и религиозности того времени. Точно так же характер внутреннего управления и церковного суда в каждой епархии вполне соответствовал современному гражданскому строю. Так, на службе при архиерее мы видим множество светских людей, каковы: бояре, дети боярские, дьяки, подьячие и целый сонм низших служебных служителей, т. е. приветчиков, доводчиков и проч. В делопроизводстве здесь укрепилось то же приказно-дьяческое начало, как и в других отраслях государственного управления. Низшее духовенство, т. е. священники и монахи, составляют по отношению к архиерею сословие тяглое, обложенное в его пользу разными податями и поборами. Но меж тем как городские и сельские священники безропотно подчинялись архиерейскому тяглу, сколько-нибудь значительные монастырские общины нередко стремились освободиться от епархиальной власти и поставить себя под непосредственное покровительство самого царя. Наглядный пример такого стремления мы видели в деятельности Иосифа Волоцко-го. Архиереи по-прежнему творят в епархии свой суд и собирают свои доходы посредством десятильников, которые прежде избирались из архиерейских бояр, а в XVI веке назначаются из архиерейских боярских детей; своим боярам и детям боярским архиереи раздавали поместья из церковных земель; кроме того, они пользовались известной частью от судебных пошлин. В XVI веке при развитии Московской государственности, верховная власть обратила свое внимание на служилых архиерейских людей и ограничила прежнюю самостоятельность архиерейского двора. Так, уже в Столглавом соборе были изданы постановления, вследствие которых назначение архиерейских бояр и дьяков стало происходить с царского утверждения, и они, таким образом, входили уже в общий состав государственных чиновников. Стоглавый собор строго предписал архиерейским десятильникам ограничиваться своими полицейскими обязанностями и не вмешиваться в дела собственно духовные, например в наблюдение за церковным благочинием, для которого учреждены были особые поповские старосты. Но предписания эти часто не исполнялись, и вообще низшее духовенство, особенно белое, много страдало от притеснений и вымогательств со стороны десятильников и их слуг, этого мирского воинства, состоявшего на службе архиереев.