Почти все сколько-нибудь значительные монастыри русские по своему внутреннему устройству были общежительные, за исключением епархии Новгородской; но и там Макарий, в бытность свою архиепископом Великого Новгорода, старался ввести общежитие, что ему и удалось до некоторой степени. Иногда основатель и игумен вновь учрежденного монастыря, по примеру Феодосия Печерского, Кирилла Белозерского, Ефросина Псковского, писал для него устав, снабженный более или менее строгими правилами, касавшимися церковной службы, трапезы, братских трудов, монастырского хозяйства и других сторон иноческого быта. Таковы уставы Иосифа Волоцкого, Нила Сорского, Корнилия Комельского, Герасима Болдинского и некоторые другие. Но сама жизнь вырабатывала общие черты монастырского быта независимо от сих уставов. В общежительных монастырях хотя во главе общины стоял игумен и настоятель и ничто не должно было совершаться без его благословения, однако власть его была ограничена соборными старцами, которые составляли при нем монастырский совет, а хозяйственная часть сосредоточивалась в руках келаря. Последний ведал монастырскими вотчинами, доходами и всякими сборами, для чего имел многих помощников, а для управления селами под его ведением состояли посылаемые туда особые старцы, называвшиеся «посельскими», или «приказными». Все эти власти были выборные, т. е. выбирались самой монастырской общиной. Только в обители, состоявшие под непосредственным царским покровительством, игумен назначался самим царем. Хотя прием в монастырскую братию был свободный, но обыкновенно принимались только те, кто вносил известный «вклад» деньгами и другим имуществом; а принятые без вклада «Бога ради» не считались действительными членами монастырской общины. Эти-то последние и составляли бродячий элемент, нередко переходя из одного монастыря в другой. Стоглав, однако, предписывает принимать иноков, постриженных в другом монастыре и «приходящих с верою и со страхом Божиим», а вновь поступающих постригать, не требуя от них за то никакой денежной платы. Вооружаясь против пьянства, Стоглав запрещает держать в монастырях горячее вино, хмельное пиво и мед, но не возбраняет фряжские вина и умеренное питие и, кроме того, дозволяет послабление для князей, бояр и дьяков, которые постригаются в немощах или при старости и дают великие вклады, села и вотчины: их можно не принуждать к хождению в трапезу, а допускать им ядение по келиям; для них следует держать разные квасы, сладкие (медвяные, черствые и кислые) и не возбранять присылки им от родственников. Это послабление получило потом широкое применение в эпоху опричнины, когда многие знатные люди постригались по принуждению или сами искали в монастырях убежища от опал и казней. Поэтому Иван IV в своем известном послании к игумену Кирилло-Белозерскому Козьме не совсем был прав, укоряя г го и братию в отступлении от древних монашеских правил ради Ионы Шереметева и других знатных постриженников. Такое отступление было ранее предрешено им самим вместе с отцами Стоглавого собора.
Тот же Стоглав обнаруживает, что разные другие злоупотребления и дурные обычаи, несмотря на неоднократное воспрещение, продолжали существовать в XVI веке. Например, еще на Московском соборе 1503 года запрещено было совместное житие чернецов и черниц в одной обители. Стоглавый собор заявил, что это правило соблюдается далеко не везде, и вновь запретил существование таких мужеско-женских монастырей. Однако и после того изредка встречается несоблюдение сего правила.