Виленские протестанты, с воеводой и литовским канцлером Николаем Рыжим во главе, неприязненно отнеслись к сему призыву и даже намерены были силой воспротивиться водворению иезуитов. Поэтому в сентябре 1569 года прибыла от Гозия первая их партия из пяти человек, Протасевич отправил к ним навстречу собственную карету. После того как стемнело и враждебно настроенная народная толпа разошлась, иезуиты незаметно въехали в город в епископской карете, окруженной конским конвоем. Потом начали прибывать поодиночке и другие иезуиты. Благодаря их скромности и наружному смирению народное волнение мало-помалу улеглось и ничто не мешало им постепенно подготовлять почву для своей будущей деятельности. В следующем 1570 году открыты были в Вильне иезуитский коллегиум и при нем гимназия. Ректором этого учреждения был поставлен Станислав Варшевецкий, природный поляк, получивший образование в заграничных университетах, исполнявший прежде должность королевского секретаря и посланника к разным дворам, а теперь сделавшийся ревностным членом Иезуитского Ордена. Свою виленскую гимназию иезуиты разделили также на пять классов (инфима, грамматика, синтаксис, поэтика и риторика). Рядом с этой светской школой они вскоре основали и духовную, или семинарию, назначавшуюся для тех воспитанников, которые готовили себя в духовное звание. Но и здесь вначале они также с трудом добывали себе учеников: католики и протестанты имели собственные школы, а православные не отдавали своих детей, опасаясь их окатоличения. Однако благодаря стараниям епископа и тому, что иезуиты привлекали бедных мальчиков, обучая их бесплатно, школы их стали наполняться; а потом, видя блестящие успехи учеников, особенно в латинском языке, родители разных исповеданий начали охотно посылать сюда своих детей.
В то же время иезуиты стали действовать и другим орудием против иноверцев: посредством публичных богословских диспутов. Когда кальвинские учителя уклонялись от сих диспутов, хитрые иезуиты устраивали на площади перед костелом прения между католиками, с одной стороны, лютеранами, кальвинистами и социанами — с другой; причем роль трех последних играли лица, выбранные из среды самих иезуитов. Разумеется, победа в этих прениях всегда оставалась на стороне католиков. Кроме школы и диспутов они постепенно стали развивать и другие свои средства для борьбы с противниками. С согласия епископа они завладели костелом св. Яна, роскошно его обновили, украсили иконами и распятиями, завели отличный орган и певчий хор и начали отправлять богослужение с невиданными дотоле торжественностью и великолепием, чем привлекали к себе толпы богомольцев. В этом костеле раздавались красноречивые проповеди, также привлекавшие многочисленных слушателей. Сам ректор Варшевецкий владел ораторским талантом. Еще большим успехом пользовался здесь знаменитый проповедник Петр Скарга, прежде каноник львовский, а теперь также ревностный член Иисусова ордена. Этот же Скарга, с разрешения папы и короля, устроил в Вильне при Свентоянском костеле «братство тела Господня»; в число братчиков вписали свои имена кардинал Гозий и епископ Протасевич, а также Виленский войт, бургомистр и другие влиятельные лица, духовные и светские. Члены братства делали обильные приношения в его кассу и своим участием в религиозных церемониях еще более увеличивали блеск и торжественность церковного обряда. Надобно отдать справедливость иезуитам: для успеха своей пропаганды они не щадили ни трудов, ни самой жизни. Когда в Литве в 1571 году свирепствовала страшная моровая язва, спасаясь от нее, из Вильны уехали сам епископ с своим капитулом и почти все ксендзы. Одни только иезуиты остались на своих местах; гфодол-жали совершать церковные службы, посещали и ухаживали за больными в городе и его окрестностях, исповедовали и приобщали умирающих. Некоторые из них при сем сами заразились и умерли. Такими подвигами самоотвержения они возбудили в местном населении большое к себе расположение.
Но главные усилия их обращены были не на простой народ, а на знатные и богатые фамилии, которые они старались или возвратить, или совратить в католичество. Эти усилия вскоре и в значительной мере увенчались успехом.