Любопытны происходившие в то время сильные распри Гедеона Балабана с львовским Успенским братством из-за владения некоторыми церквами и имуществами. Духовные соборы, собиравшиеся в Бресте, неоднократно занимались решением сих распрей, но без успеха. Михаил Рагоза, возмущенный тем, что епископ львовский, Гедеон, будучи собственно его викарием, не хотел подчиниться в этих спорах ни его авторитету, ни самому патриарху, призывал Гедеона на суд перед собором 1593 года, но Гедеон не явился. Тогда собор произнес отлучение Гедеона с запрещением архиерействовать. Тот не подчинился соборному определению. На следующем соборе 1594 года митрополит торжественно в храме повторил отлучение Гедеона. Но последний не обращал никакого внимания на эти отлучения, ибо они не были поддержаны какой-либо исполнительной властью: Гедеон, как один их четырех епископов, подписавших свое согласие на унию, находился тогда под покровительством короля.
Со времени сей подписи прошло уже три года, а дело об унии как будто заглохло; на соборах в течение этого времени о ней не было и речи. Но, по всем признакам, втайне происходили деятельные переговоры и совершались приготовления. Эти тайные переговоры велись, конечно, с главными деятелями подготовлявшейся унии, Кириллом Терлецким, Ипатием Потеем и Михаилом Рагозою. Но митрополит, по своему робкому уклончивому характеру, долго не решался выступить открыто под знаменем унии и пока тщательно скрывал от русских вельмож и от народа замышляемое отступничество. Открытый почин в этом деле взяли на себя Терлецкий и Потей. Сначала епископ Луцкий в мае 1594 года, вместе со своими клирошанами (или капитулою), явясь во владимирский городской уряд для залога одного имения своей кафедры, письменно заявил, что этот залог он делает с разрешения короля на путевые издержки, ибо король посылает его, Терлецкого, в Рим вместе с епископом владимирским Ипатием Потеем, дабы они засвидетельствовали святейшему папе свою покорность по поводу совершившегося давно желанного соединения церквей, Восточной и Западной. Этот первый шаг, по-видимому, не вызвал особого противодействия со стороны духовенства и мирян и как будто не был ими замечен. Тогда последовал второй шаг. В декабре того же 1594 года Терлецкий и Потей от имени всех русских епископов написали грамоту, или постановление, о своем соединении с Римской церковью под одним верховным архипастырем, т. е. святейшим папою. Но обоим составителям грамоты потом стоило многих хлопот и усилий, чтобы убедить других епископов подписаться под ней. Позднее всех дал свое формальное согласие на унию митрополит Рагоза, но просил Терлецкого об этом согласии пока хранить молчание. Терлецкий и Потей после того ездили в Краков к королю с условиями и артикулами, на которых епископы принимали унию. Гедеон Балабан также приступил к сему акту. Мало того, в январе следующего 1595 года он собрал у себя во Львове епархиальное духовенство, которое склонил также подписаться на унию. Около того времени он примирился с митрополитом Рагозою, который снял с него запрещение святительствовать и дал ему свою благословенную грамоту.
Как ни старался митрополит Рагоза скрывать свое участие в деле унии, но наконец это участие должно было обнаружиться. В июне 1595 года подписаны были митрополитом и епископами окончательные и подробные артикулы, или условия, унии и, кроме того, соборное послание к папе. В последнем иерархи изъявляли свое согласие на унию и признавали папу верховным пастырем, о чем передать ему уполномочивали своих братий, епископов Ипатия Потея и Кирилла Терлецкого. Что же касается до артикулов, имевших поступить на утверждение папы и короля, то важнейшие из них были следующие: относительно догмата о Св. Духе униаты предлагают исповедовать, что Он исходит от Отца