В данную эпоху мы еще не видим определенных границ между казаками Украинскими городовыми и собственно Запорожскими; иногда название войска Запорожского как бы распространяется на все Днепровское казачество; видны еще тесные связи между ними и обоюдные переходы. Запорожье еще не успело обособиться. Запорожцы представляли и ту опасность для Польского государства, что в случае неудовольствия они входили в связи с Донским казачеством и действовали заодно. Точно так же городовое Днепровское казачество иногда входило в связи с украинским казачеством Московской Руси или с Северским и вместе с ними действовало против татар и турок.
Последующие события показали, как трудно было польскому правительству держать в порядке и повиновении самих городовых казаков. Попавшие в реестр, или войсковой список, казаки считали себя сословием равным шляхетскому, и недовольны были отказом шляхты принимать их в свою среду. А не попавшие в реестр должны были воротиться в крестьянское, или холопское, сословие и подвергнуться тяжкому закрепощению под властью панов и королевских старост. Посему те и другие продолжали действовать вместе. В связи с этими причинами стало разрастаться движение, выразившееся потом целым рядом казацких мятежей против польского правительства. К сему движению приставали многие из мелких русских шляхтичей, которые находились в услужении у богатых и знатных панов: нередко, поссорившись со своим господином, эти шляхтичи покидали его и шли
После Батория, в царствование Сигизмунда III, беспокойства и смуты казацкие заметно стали усиливаться, по мере того как в Юго-западной Руси увеличивался помянутый гнет от польских панов и ополячивающихся русских вельмож, и поспольство все более и более впадало в бесправное состояние. Теперь уже не мелкие шайки выступают на сцену действия, а поднимается едва не целое казачество против панского правительства Речи Посполитой. Первое такое восстание произведено было в 1592 году Косинским, который, по-видимому, сам заставил себя провозгласить казацким гетманом. К нему пристало много беглой челяди; он пошел на Волынь, где его отряды принялись жечь и грабить города и местечки, как королевские, так и знатных панов; а мещан и мелких шляхтичей заставляли присягать себе. Разосланы были королевские универсалы, призывающие шляхту воеводств Киевского, Волынского и Брацлавского на посполитое рушение против казаков; следовательно, так велика была уже опасность. Князь Константин Острожский стал во главе шляхетского ополчения и начал теснить казаков. Осажденный под Пяткой, Косинский принужден был положить оружие. Казаки обязались сменить его, находиться в покорности королю, выдать бежавшим к ним слуг и крестьян, возвратить забранные у шляхты оружие, коней, скот и прочее имущество (1593 г.).