Иван IV остался трехлетним ребенком после своего отца; ему шел восьмой год, когда он лишился матери и стал расти под непосредственными впечатлениями эпохи боярских партий, исполненной всяких тревог и опасностей. При частой смене правителей, естественно, некому было заботиться о его воспитании, и царственное дитя, можно сказать, было предоставлено самому себе. Большая часть этой эпохи занята была господством Шуйских, и они-то по преимуществу виновны в небрежном воспитании мальчика и в дурном с ним обращении. На это грубое обращение впоследствии горько жаловался сам Иван IV; он говорит, что нередко с братом своим терпел голод, пока соберутся их накормить. Любимых им людей у него отнимали и отправляли в тюрьму или в заточение, несмотря на его просьбы и слезы: например, мамку его Агриппину, ее брата Телепнева-Оболенского, Ивана Бельского, митрополитов Даниила и Иоасафа. Мы видели, что последний не мог найти спасения от своих врагов в самой спальне юного государя (а под руководством сих митрополитов он, конечно, начал свое обучение грамоте и Закону Божию). Меж тем мальчик не мог не знать, что все правительственные акты совершались его именем: при больших церковных праздниках, при приеме иноземных послов и при разных торжествах он являлся на главном месте, окруженный почетом и блестящей боярской свитой, что, конечно, вселяло в него высокое о себе понятие. От природы Иван IV был, очевидно, впечатлителен и даровит, что, может быть, обусловливалось отчасти и самым происхождением его с женской стороны: бабушка его была греко-итальянка, а мать литво-русинка. Грубое обращение при его нервности и впечатлительности, естественно, ожесточало его сердце. Признаки жестокосердия появились у него очень рано. Сначала это жестокосердие упражнялось над животными: так мальчику, например, доставляло удовольствие бросать животных с высокого терема на землю и любоваться их муками. А когда он стал приходить в возраст, то стал уже забавляться испугом и страданиями людей. Собрав вокруг себя толпу сверстников из сыновей московской знати, он верхом скакал с нею по улицам и торговым площадям, давил и бил встречающихся мужчин и женщин; упражнялся и в других неблагопристойных деяниях. А ласкатели раболепно восклицали: «О храбр будет сей царь и мужествен!» Бояре-правители не только не препятствовали подобным забавам, но и поощряли их, желая как можно долее отвлекать внимание отрока от дел государственных. С той же целью поощряли занятие псовой и соколиной охотой, к которой Иоанн пристрастился также с ранних лет. Но в то же время Шуйские ревностно наблюдали за тем, чтобы кто-либо из бояр помимо их не сделался близок к юному государю и не приобрел на него влияния.
Иоанну исполнилось тринадцать лет, когда он стал оказывать особое расположение к боярину Федору Семеновичу Воронцову (брату помянутых выше Михаила и Дмитрия Семеновичей) и держать его в приближении. Недолго думая, в сентябре 1543 года трое Шуйских (братья Андрей и Иван Михайловичи и Федор Иванович Скопин) с сторонниками своими, князьями Кубинским, Пронским, Шкурлятевым, Палецким и др., вследствие какого-то спора, напали на Федора Воронцова в самой думе боярской, собравшейся в Столовой избе, в присутствии великого князя; вытащили его в другую комнату, начали бить по щекам, изорвали на нем платье и хотели убить. Государь послал к ним митрополита и бояр Поплевиных-Мррозовых с просьбою, чтобы не убивали. Шуйские исполнили эту просьбу; но когда потом Иван просил послать Федора Воронцова с его сыном в Коломну, правители не согласились и сослали Воронцовых в Кострому. Во время сих переговоров, когда митрополит ходил уговаривать Шуйских, один из его приспешников, Фома Головин, дерзко наступил на мантию митрополита и разорвал ее. Юный великий князь был сильно возмущен таким своеволием Шуйских; но, затаив жажду мести, через неделю выехал с братом Юрием и некоторыми боярами в обычное осеннее путешествие в Троице-Сергиев монастырь, откуда отправился в Волок Дамский и Можайск, по примеру отцовскому соединяя богомолье с охотой. Через две недели он воротился, и еще около двух месяцев не обнаруживал своего замысла, который созрел в нем, вероятнее всего, под влиянием его дядей, двух князей Глинских. А в конце декабря, на святках, он, улучив минуту, внезапно велел схватить «первосоветника» князя Андрея Шуйского и отдал его своим псарям; те повлекли его к тюрьмам и дорогой убили против кремлевских Ризположенских ворот. Некоторых второстепенных сторонников его, в том числе Фому Головина, разослали в заточение. Это первое решительное проявление самовластия и показало всю силу Московского самодержавия. С той поры, — прибавляет летопись, — «начали бояре от государя страх имети и послушание».