Пожары были обычным бедствием в древней Руси и нередко опустошали столицу, при ее сплошных деревянных и беспорядочных постройках, местами разделенных садами и огородами, а местами тесно скученных, особенно в Кремле и Китай-городе. Но особенно сильны и опустошительны были пожары весной и летом 1547 года. 12 апреля выгорела часть Китай-города, примыкавшая к Москве-реке, с торговыми лавками, гостиными дворами и некоторыми церквами; причем одна башня, заключавшая склад пороху, взлетела на воздух с частью стены. 20 апреля сгорела часть Посада около устья Яузы, на Болвановке, где жили гончары и кожевники. Иоанн, по-видимому, не особенно скорбел об этих народных бедствиях. В то время псковичи, утесняемые наместником князем Турунтаем Пронским, приятелем Глинских, отправили 70 человек с жалобами на него государю. 3 июня Иоанн принял их в подгородном сельце Островке; но жалобы их встретил с гневом, начал над ними издеваться, велел раздеть их донага, подпаливал им бороды зажженною свечой, потом приказал положить их на землю. Жалобщики уже ожидали казни, как вдруг из города прискакали с известием, что упал большой колокол Благовестник (висевший в Кремле на деревянной колокольнице): когда начали звонить в него к вечерне, уши у него отломились. Царь встревожился таким недобрым знамением и тотчас ускакал в город, чем прекратились дальнейшие истязания несчастных псковских жалобщиков. Упавший колокол оказался целым и неповрежденным; Иоанн велел приделать к нему железные уши, а потом вновь повесить на ту же колокольницу. Но вот 21 июня вспыхнул новый и самый страшный пожар. Он начался с церкви Воздвижения на Арбате за речкой Неглинной и спалил все Занеглименье. Поднялась буря, которая погнала огонь на Кремль; тут загорелся верх Успенского собора, кровли царских палат, казенный двор с царской казной, придворный Благовещенский собор с его драгоценными, украшенными золотом и бисером, иконами письма старого Греческого и Андрея Рублева. Сгорела оружейная палата с воинским оружием, Постельная палата и погреба с царской дорогой утварью, царская конюшня, митрополичий двор. Погорели богатые кремлевские монастыри, Чудов и Вознесенский, с несколькими старцами и старицами. Почти все кремлевские дворы боярские выгорели. Одна башня с порохом также взлетела на воздух с частью стены. Отсюда огонь распространился на соседний Китай-город и истребил едва не все, что осталось от предыдущего пожара. На Большом посаде он опустошил еще улицы Рождественку и Мясницкую, Покровку, Варварку, Тверскую, Дмитровку и некоторые другие места, со многими храмами и монастырями, в которых погорело множество старых книг, икон и дорогой церковной утвари. При сем пожаре погибло до 1700 мужчин, женщин и детей. Летописцы замечают, что такого страшного пожара не бывало в Москве от самого ее начала.