Конечно, Лагарп и не думал сердиться на своего шестнадцатилетнего ученика, который, сделавшись по воле бабушки в столь раннем возрасте семьянином, нежно заботился о своей молоденькой супруге и берег ее здоровье. Он радовался его семейному счастью, надеясь со временем быть полезным и великой княгине Елисавете Алексеевне. Но тучи, которые уже однажды грозно висели над его головой и которые ему удалось в своё время рассеять личным объяснением с государыней, снова собрались над ним, и уже на этот раз он ничего не в состоянии был сделать в свою пользу.
Государыня, которой наскучили постоянные сплетни относительно Лагарпа, решила с ним распроститься и поручила Салтыкову на исходе 1794 года объявить наставнику, что он должен прекратить свои занятия с ее внуками и покинуть Петербург. Салтыков, явившись с этим печальным решением Екатерины, застал Лагарпа в обществе Александра Павловича. Не желая расстраивать великого князя, он вызвал учителя в другую комнату, где и объявил ему волю государыни. Но чуткое сердце юного ученика подсказало ему, что над его дорогим господином де Лагарпом стряслась беда. Когда тот, смущённый, вернулся в классную комнату, Александр Павлович порывисто бросился к нему навстречу с тревожным вопросом:
— Ну, что ж?
— Позвольте, ваше высочество, поговорить об этом в другой раз, — спокойно ответил Лагарп, не желая никакими сторонними разговорами прерывать урока.
— Ах, неужели вы думаете, что я не знаю всего, что делается для того, чтобы удалить вас?
И с этим восклицанием великий князь, обливаясь горючими слезами, бросился обнимать своего любимого наставника, к которому за десять почти лет знакомства так сильно привязался.
Лагарп просил, как милости, позволения пробыть в Петербурге еще несколько месяцев, чтобы устроить свои семейные дела (он женился на девушке из рода Бетлинг) и окончить великому князю и его супруге курс истории. На это последовало согласие Екатерины, и он поспешил в несколько месяцев пройти с Александром Павловичем основательно еще раз весь курс политической и общественной нравственности, который и должен был лечь в основание всех распоряжений и деяний будущего русского монарха.
Великие князья, а также Елисавета Алексеевна были глубоко огорчены предстоящим скорым отъездом Лагарпа. Особенно убивался Александр Павлович. Он спешил насладиться последними часами беседы с наставником, заставлял повторять себе любимые Лагарпом взгляды на исторические события и деяния королей, крепко запоминал его нравоучения и посылал ему самые нежные письма.
Даря ему на память осыпанные бриллиантами портреты свой и жены своей, великий князь писал ему накануне его отъезда:
В день отъезда Александр Павлович потихоньку от всех проехал в Таврический дворец, где жил Лагарп, чтобы в последний раз обнять своего наставника и сказать ему последнее «прости». Бывший воспитатель с трудом, сам весь в слезах, вырвался из объятий рыдавшего юноши и поспешил скорее покинуть Петербург.