Главнокомандующим маньчжурской армией в самом начале войны, 7 февраля, был назначен военный министр А. Н. Куропаткин. Его назначение соответствовало настроению общества: Куропаткина помнили как начальника штаба у Скобелева. Человек осторожный и не слишком решительный, новый главнокомандующий менее подходил на первые роли («Куропаткина назначили – хорошо, а где же Скобелев?» – выразился о нем генерал М. И. Драгомиров). Рассчитав потребное количество войск и провозоспособность дороги, учитывая неизбежность огромного перевеса японцев за весь первый период войны, Куропаткин внутренне склонялся к «тактике 1812 г.», к постепенному отступлению в глубь Маньчжурии, до Харбина, если не дальше. «Прошу быть только терпеливыми, – говорил он депутации Петербургской городской думы 27 февраля, – и спокойно, с полным сознанием мощи России, ожидать дальнейших событий. Первые наши шаги связаны с передвижением войск через громадные пространства… Терпение, терпение и терпение, господа!»
Но в то же время А. Н. Куропаткин не имел ни должной «крепости нервов», ни достаточно широких полномочий для того, чтобы последовательно сыграть роль Барклая де Толли. Свою внутреннюю тягу к отступлению ему даже приходилось скрывать. Уже на следующий день после слов о «терпении», при проводах на вокзале, главнокомандующий обещал «в скором времени обрадовать добрыми вестями царя и матушку Русь».
Командование флотом было возложено на адмирала С. О. Макарова, одного из лучших русских моряков, пользовавшегося огромной популярностью во флоте. Адмирал Макаров тотчас же выехал на Дальний Восток и 24 февраля уже был в Порт-Артуре.
Общее руководство военными действиями оставалось за наместником Дальнего Востока, адмиралом Е. С. Алексеевым. В случае разногласий между высшими инстанциями решающий арбитраж принадлежал государю. В отношении флота двоевластие почти не проявилось; но между Куропаткиным и Алексеевым не замедлило возникнуть разногласие, так как наместник стоял за иной, более активный, более рискованный образ действий, нежели командующий армией.
За первые два с половиной месяца войны операции сосредоточивались почти исключительно вокруг Порт-Артура. Японские суда, правда, показались 22 февраля перед Владивостоком; в свою очередь, русская крейсерская эскадра из этого порта совершила набег на северное побережье Японии. У берегов Кореи японская эскадра атаковала 27 января крейсер «Варяг» и канонерку «Кореец», еще не знавшие о начале войны, но мужественно принявшие неравный бой, в котором они нашли гибель. После этого японцы начали высаживать войска в Западной Корее; они захватили власть в Сеуле, посадив под стражу корейского императора. Русские передовые отряды, проникшие для разведки в северную часть Кореи, медленно отходили по мере усиления противника. Но центром борьбы оставался Порт-Артур.
В первые дни после начала войны там царила подавленность. На собственных минах взорвались небольшой крейсер «Боярин» и минный транспорт «Енисей». Поврежденные ночной атакой суда были введены в порт, но починка их требовала много времени. 12 февраля японцы предприняли первую попытку использовать слабую сторону Порт-Артурской гавани – заградить выход из внутреннего рейда, затопив в нем «брандеры».
С приездом адмирала С. О. Макарова дух во флоте поднялся. Новый командующий флотом поднял флаг на быстроходном крейсере «Аскольд», постоянно выходил в море, вступал в перестрелку с японским флотом, когда тот показывался перед Порт-Артуром, и даже предпринял вылазку в поисках ближней базы вражеской эскадры. С. О. Макаров был высокого мнения о качестве русского флота и не давал себя парализовать неблагоприятным численным соотношением (хотя в то время русский флот насчитывал всего 6 боеспособных бронированных судов, а японский – 14); он не боялся идти на риск, учитывая, что японцы едва ли отважатся на решительный бой, так как им больше неоткуда ждать подкреплений, а в Балтийском море уже готовилась новая русская эскадра, численно равная первой.
Но 31 марта адмирал С. О. Макаров погиб вместе с броненосцем «Петропавловск», затонувшим в каких-нибудь двух минутах от взрыва мины. Гибель С. О. Макарова была роковым ударом для русского флота. Она произвела во всей стране угнетающее впечатление. «Тяжелое и невероятно грустное известие… Целый день не мог опомниться от этого ужасного несчастья. Во всем да будет воля Божия, но о милости Господней к нам, грешным, мы должны просить…» – написал в этот день государь, обычно не выражавший чувств в своей повседневной записи.