Если бы от всех армейских командиров требовалось точное выполнение инструкций, эти положения отменили бы приказ о комиссарах. Они были в совершенном противоречии с разделом, в котором объявлялось, что меры против гражданского населения являются ответственностью только оперативных групп (эйнзацгрупп) СД и СС. Кроме того, эти положения были применимы не только к зоне боевых действий, но и также в глубоком тылу фронта, который каждый командир контролировал через своего коменданта безопасности тылового района армии. Это означало, что в огромной части оккупированного Советского Союза могли осуществлять свою власть над полицией безопасности СД (гестапо) таким же образом, как и главнокомандующие на поле сражения. Только в районах, которые были переданы немецкому гражданскому управлению, вермахт терял все права контроля. Там полицейские командиры никоим образом не были подчинены гражданским комиссарам министерства Розенберга, кроме того, что были обязаны консультироваться с ними. И тут власть Гейдриха была неоспоримой.
Подготовка указов
В инструкциях, разосланных Кейтелем 13 марта 1941 г., Гитлер объявил свою волю, что свобода действий Гиммлера, Гейдриха и их служб будет простираться до линии фронта. Это (как Гитлер понимал в глубине души) было абсурдом. Даже Гейдрих, ненавидевший верховное армейское командование, потому что там его считали чем-то вроде неприкасаемого (парией), как говорят, заявил перед своим совещанием с Вагнером: «Мы не можем допустить, чтобы дикие, безответственные орды бегали вдоль линии фронта». В отличие от Мюллера он хотел ограничить эйнзацгруппы в оперативной зоне до роли тактических вспомогательных частей. Но, в свою очередь, Гейдрих ожидал, что командование вермахта оснастит его людей, как моторизованные части.
Сам по себе этот основной статут будущих эйнзацгрупп не был достаточен, чтобы обеспечить соблюдение требований вермахта. Понадобились еще два указа, чтобы привести в действие условия гитлеровских указаний от 30 марта. Первый содержал руководство по обращению с военнопленными. Он должен был обеспечить инструмент, которым можно было бы отбирать комиссаров и партийных чиновников для казни. Второй декрет должен обеспечить полную защиту для германских солдат, которые должны «атаковать в тылу теми же самыми методами, которые они используют при атаке врага на поле сражения; а также полную безнаказанность для офицеров, которые отдавали приказы, взывавшие к общему порыву их солдат». Такими были так называемые приказ о комиссарах и военный приказ о юрисдикции, который сейчас предстояло подготовить. Лицом, ответственным за первый приказ, был Вальтер Варлимонт, начальник Управления национальной обороны и заместитель Альфреда Йодля, начальника штаба оперативного руководства Верховного главнокомандования вермахта. Варлимонту не нравилась его обязанность, хотя все считали его нацистским генералом. В начале мая он попытался получить приказ, подготовленный полковником Рудольфом Леманом, начальником юридического отдела ОКВ. Варлимонт также пытался убедить своего близкого друга Эдуарда Вагнера издать этот приказ устно, без каких-либо письменных указов. Вагнер сказал, что не может сделать этого, потому что, если он не составит официальный указ для него, то Гитлер аннулирует недавнее соглашение Вагнера с Гейдрихом и тем самым предоставит РСХА полную власть в зоне боевых действий. Вагнер заявил, что ему стоило величайших усилий помешать РСХА отдавать армии приказы на самой линии фронта.
Поэтому Варлимонт был вынужден подготовить этот приказ. На него обрушилось бремя принятия решения, что есть «комиссар». Если воспринимать высказанные Гитлером пожелания буквально, приказ о массовых казнях должен применяться к любому, кто получал какие-либо приказы от советского правительства, и к любому, кто проявил хоть малейшую активность в коммунистической партии. Варлимонт действовал осторожно. 12 мая он издал под своим собственным именем документ, который описывался как «предоставление ОКХ инструкций от 30 марта». Следуя смыслу лекции Гитлера, Варлимонт писал, что выявление политического функционера должно представить достаточные основания для казни по приказу любого германского офицера, обладающего дисциплинарными правами. Германский офицер должен посоветоваться с двумя другими военнослужащими вермахта, но только один из них должен иметь офицерское звание. Термин «политический функционер» должен был включать в себя политруков (или заместителей командира по политической подготовке), которые, как считалось, сопровождают все части Красной армии начиная с роты и выше и которые носят военную форму. С другой стороны, «предоставление» содержало в себе предложение, исходившее от Альфреда Розенберга, которое ограничивало определение политического функционера. Розенберг просто внес предложение, чтобы русские чиновники, остававшиеся на своих постах без оказания сопротивления захватчику, не подвергались репрессиям.