После разрыва отношений между КНР и СССР, произошедшего в 60-е годы XX века, ситуация на территории, на которой ранее располагалась Республика Восточный Туркестан, стала совершенно неясной.
Настоящим толчком к развитию событий на территории бывшего Восточного Туркестана послужила перестройка в бывшем Советском Союзе и его последовавший затем распад.
Наиболее известны демонстрации в городе Барыне, вызванные китайскими событиями на площади Тяньаньмэнь в 1989 г., а также в городах Урумчи в 1995 г. и Кульджа в 1997 г. В 1989 г. в г. Барыне студенты религиозных школ организовали массовую мирную демонстрацию против политики Китая в отношении уйгуров. Периодические волнения, длившиеся почти год (1989–1990 гг.), привели к жёсткому противостоянию власти и народа. О масштабе этого противостояния говорит следующий факт: только в местности Кагилик близ г. Барына в поддержку событий в г. Барыне выступило около 8000 человек. Подавление китайскими властями волнений в г. Барыне перетекло в вооружённый конфликт. В ходе столкновения были убиты десятки уйгурских активистов. За этими событиями последовали массовые репрессии. Ежегодно публично расстреливались активисты уйгурского освободительного движения.
В Китае власти до сих пор осуществляют так называемую календарную профилактику, согласно которой каждый год, в соответствии с праздничными датами, проводятся массовые аресты и публичные казни уйгуров, обязательным атрибутом которых является дощечка с обвинительными надписями на груди. Так как непосредственные участники выступлений уже расстреляны или осуждены, силовики зачастую арестовывают лиц, не имеющих никакого отношения к политическим выступлениям. В средствах массовой информации постоянно муссируется тема уйгурского сепаратизма. После событий 11 сентября 2001 г. ожесточились реакции по отношению к участникам волнений, а также к лицам, выражающим недовольство политикой властей, проводимой в отношении коренного населения СУАР. Подобные свои действия власти оправдывают усилившейся во всём мире борьбой с терроризмом.
Таким образом, современный Китай последовательно проводит политику репрессий по отношению к сепаратистски настроенной части населения СУАР и так же последовательно привлекает на сторону правительства КНР тех уйгуров, которые толерантны по отношению к дальнейшему усилению влияния Великого Китая на территории СУАР.