В итоге, 8 (21) июля 1918 г., Патриарх за литургией произнес проповедь, осуждавшую совершенное злодеяние. Святейший открыто заявил, что с убийством Николая II (о расстреле вместе с ним семьи и слуг тогда не говорилось) христианская совесть примириться не может: «Пусть за это называют нас контрреволюционерами, пусть заключают в тюрьмы, пусть нас расстреливают. Мы готовы все это претерпеть в уповании, что к нам будут отнесены слова Спасителя нашего:
Вскоре после этого, 31 июля (13 августа) 1918 г., соборяне утвердили определение об избрании Святейшего Патриарха, указав, что это избрание производится Собором, состоящим из епископов, клириков и мирян. Система выборов сохранялась прежняя: из объявленного списка закрытым голосованием Собор избирает трех кандидатов путем подачи листов с обозначением на каждом трех имен. Далее Патриарх избирает по жребию из трех указанных кандидатов. Таким образом, Собор предполагал оставить те правила, которые были выработаны при избрании Святейшего Патриарха Тихона. Однако это определение (как и многие другие) оказалось в последующие годы неисполненным: первоначально – в силу развернувшихся гонений на Церковь, в дальнейшем – в силу выработавшейся и в Церкви привычки «единогласного» решения, без возможных в случае жеребьевки неожиданностей, столь нелюбимых советской властью.
13 (26) августа 1918 г., в день именин Святейшего Патриарха Тихона, Собор принял определение о восстановлении празднования дня памяти Всех святых российских. Служба «Всем святым, в земле Русской просиявшим», была составлена членами Собора иеромонахом Афанасием (Сахаровым; 1887–1962, будущим епископом Ковровским) и профессором Петроградского университета Б.А. Тураевым.
Очередным свидетельством переживавшегося тогда «скорбного времени» стало определение от 30 августа (12 сентября) 1918 г. об охране церковных святынь от кощунственного захвата и поругания. Само его название говорило за себя: Церковь вступала в годину гонений и смут, когда надругательства над православными святынями становились нормой жизни безбожного государства. В этих условиях Собор, зная позицию Совнаркома, принявшего Декрет об отделении Церкви от государства и школы от Церкви, специально указал, что «святые храмы и часовни со всеми священными предметами, в них находящимися, суть достояние Божие, состоящее в исключительном обладании Святой Божией Церкви в лице всех православно-верующих чад ее, возглавляемых богоучрежденной иерархией. Всякое отторжение сего достояния от Церкви есть кощунственный захват и насилие». Под страхом церковного отлучения православным запрещалось участвовать в изъятиях храмов, часовен и находившихся в них священных предметов.
7 (20) сентября 1918 г. Собор выпустил определение, в котором поднимался старый вопрос об образовании в пределах Православной Российской Церкви церковных округов, потребность в которых была признана еще Соборами 1666–1667 гг. и 1681–1682 гг. Члены Собора, руководствуясь священными канонами и принимая во внимание значительное число уже существовавших в Церкви епархий, определили учредить церковные округа, а распределение по ним поручить высшему церковному управлению. Дальнейшие события не позволили реализовать это определение. Тем самым оказалось неисполнимым и определение от 21 августа (3 сентября) 1918 г. о порядке прославления святых к местному почитанию, согласно которому прославление угодника Божия к местному почитанию должно было совершаться собором митрополичьего округа с благословения Патриарха и Синода, передаваемого через особую грамоту.
Следующее определение от 7 (20) сентября 1918 г. «О созыве очередного Собора и о полномочиях членов Священного Синода и Высшего церковного совета» предоставляло Патриарху полномочия созвать очередной Собор в 1921 г. Предусматривалось также, что избранные Собором 1917–1918 гг. члены Синода и ВЦС сохраняют свои полномочия до избрания нового состава Синода и ВЦС очередным Собором. Следовательно, Собором 1917–1918 гг. была заложена норма регулярного проведения Поместных Соборов не менее одного раза в три года.