Не лучшим образом сложились и отношения между Епархиальным и Краеведческим музеями. Епархия сразу же начала эксплуатировать не ею созданные экспозиции ризницы и палат бояр Романовых, получая за это «пожертвования». Профессиональный контроль над ее деятельностью оказался невозможен. Рядовые сотрудники, прежде всего технический персонал, уверены, что в церковном музее им стало лучше в финансовом отношении: смотрители стали получать 1400 рублей, сотрудники — более 3000. Из 52 научных сотрудников в монастыре остались лишь 5, по мнению самого архимандрита, не самые лучшие. Среди них Светлана Виноградова, ставшая главным хранителем церковного музея. Архимандрит Иоанн рассчитывал прежде всего на помощь в организации музейного дела со стороны Центрального музея древнерусского искусства прп. Андрея Рублева, музеев Московского Кремля, Государственного исторического музея и Реставрационного центра имени Игоря Грабаря.
Новые сюрпризы преподнесла и дележка фондов «по-православному». 7 июля 2005 г. между Костромским объединенным историко-архитектурным музеем-заповедником и церковным Историко-археологическим музеем был подписан договор «о передаче музейных предметов религиозного назначения и исторически происходящих из Костромского Ипатьевского монастыря в безвозмездное временное пользование». Сам договор был подготовлен идеями, высказанными в письме ФАКК № 435-18.5-071 от 10 февраля 2005 г. Руководитель агентства М. Швыдкой 3 августа этот договор утвердил. Проблемы, заложенные в нем, отражены уже в самом названии. Речь идет о передаче на временное хранение, обычном деле в межмузейных отношениях, которое, однако, названо «безвозмездным пользованием». Очевидно, авторы искали некий компромисс между пожеланиями епархии получить вещи в соответствии с Постановлением № 490 и цивилизованными требованиями передавать экспонаты на временное хранение. Союз «и» между предметами религиозного назначения и происходящими из Ипатьевского монастыря делал список передаваемых предметов безразмерным.
В договоре речь шла о предметах, включенных в Государственную часть музейного фонда. При этом музейные фонды превращались фактически в «шведский стол», зависящий от аппетитов архиерея. Они оказались под угрозой, исходящей от пункта 1.4: «Список музейных предметов, подлежащих передаче от музея к ЦИАМ, может быть продолжен». При этом обязанность формировать список была возложена на сам Краеведческий музей. За ним формально сохранялось право ведения учета и контроля. В случае неисполнения своих требований музей имеет право инициировать расторжение договора и может проводить изъятие экспонатов в случае грубых нарушений правил хранения и экспонирования. Однако процесс выявления такого рода нарушений вновь не был прописан. Финансирование работ по контролю над состоянием предметов оставалось за музеем, а Епархиальный музей оплачивал лишь профилактическую реставрацию. В договоре фиксировался запрет на изменение внешнего вида музейных предметов. Епархиальный музей самостоятельно определял свое участие в выставочных мероприятиях, а права и обязанности Краеведческого музея в этой сфере не оговаривались, кроме самого факта согласия. Музей также мог просить у епархии выдать предметы на свои выставки. Срочность договора была так и не определена, а грядущая реорганизация музея-заповедника была готова похоронить эту срочность под проблемами правопреемства.
Список передаваемых предметов был указан в приложениях № 1 и 2. После исхода, а вернее, «извоза» музея из Ипатия встал вопрос о судьбе икон и святынь из ризницы и иконостаса собора. Единственным возможным решением правовой коллизии была передача их как предметов государственной части музейного фонда религиозной организации на временное хранение. В результате фондово-закупочная комиссия музея составила список из 166 предметов как специальное приложение к договору. Каково, однако, было удивление сотрудников музея, когда они увидели итоговый список из 2677 предметов. Этот перечень составлялся директором П. Алексеевым и архиепископом единолично, при участии «православных» сотрудников, в том числе и С. Виноградовой, что свидетельствует о компетенции подобных людей, у которых ложно понятое благочестие подменяет профессионализм. Список предметов включал не только Романовскую коллекцию и предметы православной культуры, никогда не принадлежавшие монастырю, но и предметы христианского культа из археологических раскопок на территории Костромы. Вырванные из плоти из музейной коллекции и из археологического контекста, они должны были стать основой нового грандиозного замысла.