Однако 8 ноября 1992 г. ученый совет музея признал невозможным использование Филевского храма в качестве общинного. Вместе с тем, понимая необходимость возрождения жизни общины, музей посчитал возможным принять участие в долевом строительстве нового храма. Постепенно на сцену выходят противоречия правового характера. 12 января 1993 г. Госкомимущество напоминает Москве, что право распоряжения храмом остается за Российской Федерацией. 26 сентября 1994 г. в общину назначается новый настоятель священник Борис Михайлов. В это время меняется тактика взаимоотношений общины с музеем. В 1996—1997 гг. основное внимание уделяется возможности не столько передачи нижнего храма, сколько совершения здесь регулярных молебнов. Первый такой молебен состоялся на Рождество Христово 1997 г. Первая Божественная литургия была отслужена на Пасху 2000 г.
В то же время община выступила инициатором заключения соглашения с музеем о совместном использовании храма, текст которого был предложен А. Соловьевым. Его основные положения сводились к следующему. Канонические нормы выполняют во взаимоотношении с музеем ту же роль, что и государственные законы (пункт 1.7). Музей продолжает осуществлять в храме, переданном общине в безвозмездное пользование, свою деятельность, но она должна соответствовать Закону о свободе совести (пункт 2.3). Службы в храме совершаются по расписанию прихода, а параметры температурно-влажностного режима определяются Научно-попечительским советом. В верхнем храме алтарь содержится как святилище. Здесь проводятся отдельные богослужения по рекомендациям Совета и согласованию с музеем (пункт 2.6). Должны соблюдаться требования по ограничению количества молящихся, качеству свечей и лампадного масла. Текущее содержание памятника происходит за счет госбюджета (пункт 2.8). Прилегающая к храму территория передается приходу и переустраивается в соответствии с его нуждами (пункт 3.1). В частности, должна быть восстановлена территория кладбища. Музей передает приходу все храмовое богослужебное имущество (пункт 4.1). Уборка верхнего и нижнего храмов осуществляется приходом, берущим на себя часть расходов по оплате труда охранников, смотрителей и специалистов (пункт 5.5).
На фоне этих событий 24 июня 1997 г. было принято Постановление правительства № П16-772 о совместном использовании храма. Оно однозначно трактовалось приходом в свою пользу. В том же году музей обвиняет общину в попытке самозахвата храма. После этого вновь возобновляются переговоры о совместном использовании нижней церкви на основе предложений прихода от 16 июля 1997 г. В ответном письме директора музея Геннадия Попова иерею Борису Михайлову от 29 сентября 1997 г. одним из главных вопросов становится не столько проблема сохранения памятника, сколько ситуация с разделом «бремени содержания».
10 марта 1998 г. патриарх Алексий (Ридигер) вновь обращается в Правительство с просьбой передать храм и предлагает свой уже готовый проект решения по данному вопросу. К этому времени противостояние прихода и музея вновь нарастает. Община 21 марта 1998 г. составляет акт о съемках в помещении храма игрового фильма для корейского телевидения с «ряженым актером» в роли священника. В июне-июле 1998 г. патриарх пытался добиться передачи храма через министра культуры Наталью Дементьеву и просил ее дать гарантии общине «в беспрепятственном совершении всей полноты храмового богослужения».
Еще в январе 1999 г. в руках общины появился козырь в противостоянии с музеем. Лаборатория музейной климатологии Государственного научно-исследовательского института реставрации провела исследования по температурно-влажностному режиму в Филевском храме. Были отмечены проблемы в содержании музеем верхнего храма, связанные с отсутствием вытяжки и плохо подогнанными деревянными рамами окон. В рекомендациях отмечалось, что в верхней церкви должны строго соблюдаться все правила эксплуатации неотапливаемых церковных зданий, предусматривающие консервацию на зимний период, проветривание по специальной методике и ограничение посещаемости. Община поспешила заявить о «неквалифицированном хранении» памятника музеем. Впрочем, кое-что касалось и общины. Отсутствие вентиляции в нижнем храме негативно сказывалось на состоянии сакрального пространства как при открытии выставок, так и при проведении молебнов.