В 1997 г. настоятель подворья вторгся и в сферу культуры — ликвидировал редчайший чин философов в иконостасе из-за его якобы несоответствия православному мировоззрению[320]
. Изображения на тумбах под иконами нижнего ряда представляли Орфея, Истоика, Фулидоса и Аполлона — христиан до Христа, которые, согласно представлениям XVI в. об античной истории, пророчествовали о пришествии Мессии. Подобные изображения на золоченых церковных дверях были известны в Успенском храме Московского Кремля и Троицком соборе Ипатьевского монастыря. Пол храма был устлан плиткой типа «кабанчик», обычно применяемой в общественных туалетах. Разрушение исторического облика храма нашло себе полное оправдание в устах «церковных искусствоведов». Иерей Борис Михайлов говорил о ренессансном, чуждом Православию, происхождении этих изображений, выполненных в грубой манере, да еще и в профиль: понадобилось обновленное и зоркое православное видение игумена Феофилакта, чтобы исправить ошибку предшественников. Директор музея Геннадий Вдовин назвал происшедшее примером «клерикальной цензуры» и самомнением настоятеля, полагающего, что именно ему явлена суть Православия в отличие от наших предков, косневших во мраке невежества.Похожий конфликт развернулся и вокруг храма Всемилостивого Спаса, являющегося частью Государственного музея керамики и Музея-усадьбы «Кусково». 7 июня 1908 г. священник Спасской церкви с. Кусково Александр Смирнов, «вникая в религиозные нужды прихожан», просил графа Сергея Шереметьева как владельца села разрешить каменную пристройку к летнему храму XVIII в. и согласиться на превращение его в зимнюю церковь. Граф с этим не согласился, поскольку церковь была домовой, однако был готов ходатайствовать о постройке нового храма и даже выделить для этого землю. 30 сентября 1992 г. Управлением юстиции Москвы при этом храме была зарегистрирована новая община. Еще в 1998 г. у директора музея Елены Ерицян были добрые отношения с трагически погибшим впоследствии священником Игорем Чехариным. Однако 22 ноября 2000 г. патриарх Алексий (Ридигер) подписал указ № 6002 о назначении сюда протоиерея Бориса Токарева с поручением ему совершения богослужений в воскресные и праздничные дни и задачи нормализации отношений с музейным руководством.
5 апреля 2004 г. замминистра культуры Леонид Надиров обратился к руководству музея с просьбой разрешить общине ночную пасхальную службу для ограниченного количества прихожан — до 70 человек. Этот вопрос уже обсуждался на встрече министра и патриарха 29 марта. Однако уже 8 апреля протоиерей Б. Токарев просит директора дополнительно разрешить еще несколько служб на Страстной и Светлой седмице. Этого не произошло, и уже 16 мая община направляет письма Президенту и патриарху о передаче ей храма в безвозмездное пользование. Одновременно богослужения были превращены в способ психологического давления — всенощные бдения 27 августа и 20 сентября были проведены общиной на улице.
3 ноября патриарх подписал письмо мэру Ю. Лужкову в достаточно резких выражениях: «Конфликтная ситуация между директором и приходом вынуждает просить Вас об оказании незамедлительной помощи по передаче общине здания храма, колокольни, а также строения, необходимого для нужд причта». Елене Ерицян приписывался стиль командно-административного вмешательства в дела прихода, заключающийся в ограничении числа богослужений и количества свечей, запрете на требы и внесение в храм дополнительной литургической утвари. Поскольку ключевое хозяйство оставалось у музея, то «двери открываются и закрываются с подчеркнутым недоверием к клиру». Предстоящий ремонт вызовет прекращение богослужений на длительный срок. Патриарх предлагал решить проблему по образцу Царицыно и Останкино, где часть строений и земля были закреплены за приходами, что исключило возможность дальнейшего конфликта с музеем.
29 декабря московский мэр в ответном письме справедливо указывал московскому епископу, что домовая церковь никогда не была приходской и что не стоит разрушать целостность ансамбля. Выход из ситуации был связан с заключением соглашения о совместном использовании храма на основе патриаршего указа 2000 г. о службах в воскресные и праздничные дни. 5 апреля 2005 г. патриарх вновь пишет мэру. Как и в прошлый раз, письмо было составлено самим Борисом Токаревым или его окружением. Здесь вопреки фактам утверждалось, что храм был приходским, а в общую храмовую площадь, доведенную до 110 кв. метров, включалось и пространство алтаря. На самом деле эта площадь составляла 53 кв. метра. К тому же патриарх сообщал, что в 2002 г. он якобы издал новый указ о совершении в храме всех чередных богослужений и треб, который, однако, остался неизвестен музею.