8 февраля 2002 г. рабочая группа Федерального научно-методического совета отметила, что еще в 1996 г. церковь была закрыта для посещения в связи с ее аварийным состоянием. В нарушение всех норм музей подписал договор с общиной о проведении здесь богослужений, которые и проводятся 15—20 раз в месяц при большом стечении народа. Был выявлен очаг разрушения на своде алтаря и юго-восточного придела площадью до 5 кв. метров, а также налет копоти из-за парафиновых свечей. Иконостасы шатались и создавали угрозу людям во время богослужения. Были зафиксированы сколы и повреждения в нижней части стен по всему периметру храма. Ликвидация штата смотрителей во время богослужений привела к отсутствию контроля и нарушению правил музейного хранения.
Ситуация с бедственным состоянием святыни продолжала осложняться, а община всячески препятствовала проведению здесь спасительных мероприятий. Утром 20 июня 2006 г. приход во главе с настоятелем устроил «молитвенный пикет» против разборки иконостаса с целью его реставрации. К пикету были подготовлены плакаты: «Уважаемые искусствоведы, где ваша совесть!»; «Сейчас не 1917 год»; «Разоряя храм, разоряем Россию». Между тем договор, подписанный самим протоиереем Арсением Тотевым в 2000 г., предусматривал, что музей осуществляет меры по обеспечению сохранности интерьеров, а приход обязуется не препятствовать проведению необходимой работы (пункт 2.10). Под давлением событий директор музея А. Шкурко заявил, что музей не намерен изымать иконы до официального решения вопроса о передаче храмового здания общине и о судьбе самих образов как входящих в государственную часть музейного фонда России.
Острый конфликт из-за храма Троицы в Никитниках сменился для ГИМа тревожной неизвестностью судьбы Новодевичьего монастыря, в котором располагался филиал музея. Первая информация о возможной передаче комплекса, подготовке соответствующего решения и условий его реализации появилась еще в 2007 г. Процесс затянулся на три года, и окончательное решение было принято лишь в декабре 2009 г. — в связи с передачей монастырского комплекса в казну РФ. Однако официально о нем было объявлено только на встрече премьер-министра РФ В. В. Путина и патриарха Кирилла (Гундяева) 5 января 2010 г.: в течение 2010 г. монастырь будет передан Московской епархии. По всей вероятности, окончательно были решены не все вопросы, о чем свидетельствует стенограмма встречи: «Святейший Патриарх Кирилл: Тоже были волнения по поводу судьбы иконостаса. А. А. Авдеев: Да, я на днях встречался с владыкой Ювеналием и дал ему слово, что все будет в порядке. Новодевичий монастырь будет иметь то, что он должен иметь по праву. Как и в Старочеркасске»[321]
.Очевидно, речь шла об иконостасе Смоленского собора, иконы которого имели серебряные вызолоченные басменные оклады, а образа местного ряда — драгоценные оклады с каменьями и жемчугами.
Напомним, что основанный в 1524 г. Новодевичий монастырь был закрыт в 1922 г. В нем организовали музей, который с 1934 г. стал филиалом ГИМа. Нынешний штат состоит из 45 человек, обслуживающих 12 000 единиц хранения. В 1944 г. в стенах Новодевичьего монастыря начали работать православный Богословский институт и различные учреждения патриархии, а с 1964 г. он стал резиденцией митрополитов Крутицких и Коломенских. Монашеская жизнь здесь возобновилась в 1994 г., когда игуменьей стала Серафима (Черная). В 2004 г. архитектурный ансамбль монастыря был включен в список всемирного наследия ЮНЕСКО.
Несмотря на длительный процесс подготовки решения, по словам заведующей филиалом Марины Шведовой, «решение о полной передаче Новодевичьего монастыря в ведение РПЦ прозвучало, как гром среди ясного неба». Предполагается, что существующий в монастыре реставрационный отдел ГИМ получит помещения на Измайловском острове, где располагается институт промышленного развития «Информэлектро», работающий на нанотехнологии.
Общественный резонанс, вызванный новостным «громом» и тревогой за судьбу святыни, заставил митрополита Крутицкого Ювеналия (Пояркова) 26 января 2010 г. выступить со специальным обращением. «Не скрою, что некоторые комментарии в прессе не принесли мне радости», — сказал митрополит. Он подчеркнул, что его обязанностью является «обеспечить и сохранение древней обители и поддерживать осуществление в ней просветительского служения». Тем, кто сомневается в способности Церкви хранить историческое достояние, была адресована информация о том, что за минувшие два десятилетия в Московской епархии из руин восстановлено 24 монастыря и более пяти с половиной сотен храмов. По мнению митрополита, это весьма «убедительное свидетельство», однако в целом ряде случаев речь шла о простом ремонте, вызвавшем к тому же нарекания органов охраны памятников и специалистов.